綠光結局和藍光結局有劇情上的區別。
1、綠光結局
在安德森、哈克特和薛帕德的指揮下，星聯及其盟友發起了對收割者的全面攻擊，通過擎天爐展開最後壹搏，奪回地球和神堡。在倫敦進行了長時間的艱苦戰鬥後，盡管被最強大的收割者先驅者嚴重擊傷，但薛帕德仍然抵達了收割者的傳輸光束並進入神堡。
薛帕德在壹個控制面板處與安德森碰面，但安德森遭到幻影人劫持並被其射殺。幻影人或被薛帕德殺死，或確信自己被教化而自殺。無論如何，安德森都會在此過程中喪生。薛帕德試圖啟動擎天爐，但僅被運載到神堡的頂端，那裏出現了壹個孩子模樣的人工智能。它宣稱自己是催化劑以及收割者的創造者。
2、藍光結局
薛帕德被阿莎麗議員召喚到神堡[。議員告訴薛帕德在她們的母星瑟西亞上有壹個隱藏的普洛仙神器，可能有助於薛帕德找到“催化劑”——完成擎天爐所需的重要部件。薛帕德在那裏發現了壹個名為“溫德特”（Vendetta）的普洛仙虛擬智能（VI），但冷凱到達並搶走了它，與此同時瑟西亞星被收割者攻占。
薛帕德急需回收溫德特，跟隨冷凱前往地平線（Horizon）人類殖民地，塞伯魯斯壹直在那裏研究控制收割者的技術。薛帕德獲得了壹個指向塞伯魯斯總部的追蹤設備，與星聯***同發起對基地的全面攻擊。薛帕德到達中央基地，殺死了冷凱，並從溫德特那裏得知催化劑是神堡。後使用合成元素合成所有的有機生命，反之亦然，以實現彼此的完美理解。
擴展資料：
壹、劇情設定
人類故鄉太陽系的母星地球危在旦夕，在壹個遙遠的宇宙外，壹群可怕的機器種族開始了他們消滅人類的任務。指揮官的約翰·薜帕德（John·Shepard），作為聯盟的壹名海軍陸戰隊員兼唯壹的人類精英幽靈，將擔負起拯救地球的重任，他將尋求與宇宙內的所有文明聯合起來對抗這個神秘的外來種族。同前兩部壹樣，《質量效應3》將根據玩家做出的不同選擇延伸出不同的情節。
二、遊戲背景
《質量效應》系列從第壹代起就是圍繞著指揮官薛帕德在外星球展開的故事。玩家通過操控指揮官薛帕德做出楷模或者叛逆的抉擇來打造自己的星際英雄。在遊戲中，玩家可以探索外星球，拜訪外星人，還可以在自己的飛船上來上壹段羅曼蒂克。?
《質量效應3》作為三部曲的第3部作品，還不清楚是不是系列的收山之作，不過根據BioWare在VGA上放出的第壹個預告片，可以清楚的看到戰火已經燒至人類故鄉地球，這次玩家就要作為指揮官薛帕德帶領他（或她）的隊伍再壹次拯救全人類，不過這壹次不是在外太空，而是在故鄉地球。