1、病因不同：甲型H1N1流感患者為主要傳染源，無癥狀感染者也具有傳染性。目前尚無動物傳染人類的證據。傳播途徑：主要通過飛沫經呼吸道傳播，也可通過口腔、鼻腔、眼睛等處黏膜直接或間接接觸傳播。接觸患者的呼吸道分泌物、體液和被病毒汙染的物品亦可能引起感染。
感冒的病因：鼻病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯薩奇病毒、冠狀病毒、腺病毒等病毒感染引起。
2、發病潛伏期不同：甲型H1N1流感的潛伏期，較流感、禽流感潛伏期長，潛伏期時長1～7天，多為1-3天。感冒：起病較急，潛伏期1～3天。
3、臨床表現：甲型H1N1流感病情可迅速發展，來勢兇猛。突然高熱、體溫超過38℃，甚至繼發嚴重肺炎、急性呼吸窘迫綜合征、肺出血、胸腔積液、全身血細胞減少、腎功能衰竭、敗血癥等。
感冒：主要表現為鼻部癥狀，如噴嚏、鼻塞、流清水樣鼻涕，咳嗽、咽幹、咽癢、咽痛或灼熱感，甚至鼻後滴漏感。
4、癥狀不同：甲型H1N1流感為流感樣癥狀，包括發熱、咽痛、流涕、鼻塞、咳嗽、咳痰、頭痛、全身酸痛、乏力。部分病例出現嘔吐、腹瀉。少數病例僅有輕微的上呼吸道癥狀，無發熱。體征主要包括咽部充血和扁桃體腫大。
感冒：2～3天後鼻涕變稠，常伴咽痛、流淚、味覺減退、呼吸不暢、聲嘶等。壹般無發熱及全身癥狀，或僅有低熱、不適、輕度畏寒、頭痛。
5、含義不同：甲型H1N1流感為急性呼吸道傳染病，其病原體是壹種新型的甲型H1N1流感病毒。感冒是壹種常見的急性上呼吸道病毒性感染性疾病。
百度百科-甲型H1N1流感
百度百科-感冒