藥師寺建於天武天皇9年（680年）。1998年，以古奈良的歷史遺跡的壹部分而列入世界遺產名單之中。
680年，天武天皇為了祈求皇後（即後來的持統天皇）病體早日康復，在藤原京建造了以藥師如來為本尊的寺院。但是，寺院尚未完成，天武天皇卻不幸去世，繼位的持統天皇、文武天皇繼續建造寺院，大約於698年建造完成。其後由於都城遷至平城京，寺院於718年遷至現在的地點。當時以被稱為 龍宮 的金堂為中心，建有東西雙塔、講堂、回廊等眾多建築，其後因973年的火災和1528年的戰火，除東塔和東院堂以外，其它建築都幾乎消失了。
昭和中期，借著白鳳伽藍復興之機，從1976年的金堂復興開始，開始重建昔日的伽藍。1991年，作為新殿堂的玄奘三藏院伽藍建造完成。作為稱頌因小說《西遊記》而廣為人知的唐代高僧玄奘三藏遺德的中國式伽藍，平山郁夫畫伯創作了 大唐西域壁畫。藥師寺不僅以伽藍聞名，還藏有被稱為可代表白鳳時代佛像雙璧的藥師三尊像和聖觀世音菩薩立像，以及日本最古老的佛足石（由唐代王玄策自印度摩揭陀國臨摹佛足石後帶回大唐，置於長安善光寺中，由壹位遣唐使摹寫下來後帶回到日本）等很多文物。