1954年成立輕工業部上海工業試驗所、食品工業部上海科學研究所；
1955年在北京成立第壹輕工業部發酵工業科學研究所；
1960年，輕工業部食品工業科學研究所中的食品室與輕工業部發酵工業科學研究所合並，在北京成立輕工業部食品發酵工業科學研究所；
1969年底，輕工業部食品發酵工業科學研究所奉命江西搬遷江西，更名輕工業部食品發酵工業科學研究所、江西食品發酵工業科學研究所；
1979年，國務院批準遷回北京，恢復輕工業部食品發酵工業科學研究所；
1995年, 根據中央機構編制委員會辦公室1995年1月19日《關於中國輕工總會所屬事業單位機構編制的批復》，單位更名為中國食品發酵工業研究所；
1999年,根據科學技術部《關於印發國家經貿委管理的10個國家局所屬科研機構轉制方案的通知》，我所轉為中央直屬大型科技企業；
2002年，更名為中國食品發酵工業研究院；
2003年以後，並入中國輕工集團公司。 設有食品工程研究部、發酵工程研究部、釀酒工程事業部、標準與信息部、質量檢測部、國際合作與貿易發展部等事業部及下屬企業—北京市發綜合經營部和北京中食發生化工程設計咨詢公司。
擁有國家級中國工業微生物菌種保藏中心（CICC）、國家食品質量監督
檢驗中心、全國食品發酵標準化中心、全國食品發酵工業科技情報信息中心、全國食用菌研究開發中心，並具有工程咨詢資質、進出口業務代理資質。 蔡木易：中國食品發酵工業研究院院長。
董守誠：中國食品發酵工業研究院黨委副書記
張金澤：中國食品發酵工業研究院副院長。
程 池：中國食品發酵工業研究院副院長。
張五九：中國食品發酵工業研究院副院長。
宋全厚：中國食品發酵工業研究院副院長。
王 潔： 黨委副書記兼科技發展部主任。
黃宇彤 ：中國食品發酵工業研究院副院長 主任委員： 蔡木易
委員成員：張五九 熊正河 張金澤 宋全厚 王 潔
程 池 黃宇彤 塗順明 裴疆森 劉 淩
王異靜 龔樹立 李惠宜 宋國勇 王 璋
程勁松 文 劍 郭新光 段勝林 潘興昌 食品工程技術：飲料、植物蛋白、食品添加劑、食品安全、食品高新技術裝備開發應用；
工業生物技術：釀酒、調味品、酶制劑、有機酸、氨基酸、糖資源、蛋白質-肽資源、食用藥膳真菌、環保綜合利用、節能降耗清潔生產、工程設計等。 研究院在工業生物技術、微生物菌種資源管理和開發領域，擁有從菌種保藏、分類鑒定、選育開發應用、分子生物學評價分析的包括進口-80℃超低溫冰箱、液氮保藏及、液相色譜、氣相色譜、自動微生物分析Biolog鑒定儀、PCR等全套儀器設備，到發酵試驗室和中試基地在內，具有各式搖瓶機、發酵罐、以及相應配套的多種板框過濾、超濾濃縮、旋轉蒸發、連續色譜分離設備、噴霧幹燥、真空凍幹等用於工業微生物發酵和下遊操作技術、產品檢測的各種中小型儀器設備組合，以及擁有2兆企業網絡專線，實施與國家自然科技資源E-平臺對接，實現國家工業微生物資源平臺全國聯網資源***享和在線監控管理體系，為我國工業微生物領域研究和開發創新形成了良好的支撐。
在釀造科技攻關的基礎設施方面，實驗室研究設備配套齊全、裝備精良，擁有離子色譜、氣相色譜/質譜聯用、液相色譜/質譜聯用、原子吸收、蛋白質分析、氨基酸自動分析、DNA測序、PCR、超速離心機、顯微操作系統等儀器，以及進口的啤酒小試-中試擴大設備、啤酒小型生產車間，在國內釀酒研發同行業均屬壹流水平。
研究院已形成了由歸國博士後、博士、碩士和有豐富工程化實踐經驗的中青年科研人員為骨幹的學術水平較高、結構合理、攻關能力強科研團隊，並由國內著名學者專家組成了“專家技術委員會”。 研究院不僅可以勝任多種學科的研究課題和任務，而且在領域內的基礎研究、理論創新和工程化方案、設備和控制等各方面具有壹定的影響力，有多項目技術集成和推廣應用的能力。 研究院註重以市場化方式整合、完善現有技術成果，積極構築形成食品發酵工程應用基礎研究、技術開發、成果工程化轉化平臺。與各相關行業協會都保持著良好的合作基礎，緊密結合行業、企業和市場直接需求，積極承接行業內大中型企業的科研開發任務，使項目的研究起點始終立足在市場開發需求上。在成果轉化形式上，也逐步由過去的單純局部工藝技術成果轉讓向整體工程化成果實施、關鍵性產品輸出、關鍵技術資本化轉化等方式轉變，聯合建立企業化工程技術開發中心、技術投資控股公司和合作開發型企業。
特別是近10年，中國食品發酵工業研究院作為國家級綜合性研發機構,以“創新發展 服務行業”為核心理念，全力打造公***服務平臺、科技創新平臺，努力為行業技術進步和產業結構調整發揮積極的推動作用，為創新型國家建設和社會的可持續發展貢獻力量。 獲得專利30余項；累計完成國家標準350余項，行業標準260余項，軍標20項。是發酵工程專業碩士學位授予單位。承擔了國家高技術研究發展計劃（863計劃），國家 “十五”攻關計劃項目，國家“十壹五”支撐計劃項目，國家科技基礎平臺項目，國家科技部社會公益類項目，國家科技部國際合作項目；國家科技部科研院所技術研究開發專項資金項目，北京市科委國際合作項目；國家商務部援培訓班、國家商務部中小企業市場開拓資金批準立項目等；承擔制定國家標準，行業標準的任務，承擔國家質檢總局、國家工商總局、國家食藥局下達的任務，國家認監委項目等。