1、概念不同
直接死因指直接引起死亡的疾病或損傷。如果主要死因不經過中間環節直接引起死亡.則此死因既是主要死因，又是直接死因，也是唯壹死因；如果主要死因沒有立即致死，而是因它引起的直接致命的繼發病理後果或並發癥致死，則繼發病理後果或並發癥為直接死因。
根本死因就是引起死亡的初始原因，它不是並發癥或繼發癥，也不是繼發的生理功能紊亂，因而不同於上述直接死因，且大多數根本死因能在國際疾病分類中查到，我國不少人也習慣上稱其為主要死因。
2、形成條件不同
直接死因常是疾病、損傷、中毒、窒息所引起的直接致命的並發癥或繼發癥。在法醫學中常見的直接死因有感染、大出血、各類休克、各種栓塞、中毒、繼發性窒息、自身有毒產物吸收引起中毒、腦疝、嚴重的心率失常、全身衰竭、迷走神經抑制等。
例如頸部刺傷時，頸動靜脈割斷大量出血，很短時間內死亡者，頸部刺傷是主要死因，而出血是直接死因。主要死因和直接死因不是主次關系，而是因果關系，主要死因是直接死因的原因。
根本死因是指引起死亡的原發性自然性疾病或原發性暴力損傷包括機械性損傷、機械性窒息、雷電擊傷、高低溫損傷、外源性毒物中毒等。
3、***同點
根本死因與直接死因之間通常都有壹個時間間隔，可以是幾天、幾個月、幾年或更長時間。另外，根本死因本身也可導致死亡而沒有直接死因和間接死因。
這種情況常見於重要生命器官的嚴重損傷或疾病，如腦幹損傷、嚴重的顱內血腫、心臟或大血管的破裂、冠心病、心肌炎、肺炎、肺膿腫以及各種機械性窒息、重度中毒等等。
有時在根本死因與直接死因之間還可能有中間介入性因素，為間接死因。如頭部被鈍器打擊致閉合性顱骨骨折，骨折片損傷其下的硬腦膜竇而致硬腦膜下血腫。開顱手術清除血腫後繼發感染形成化膿性腦膜腦炎，而長期臥床又繼發支氣管肺炎而死亡。
根本死因頭部鈍器損傷與直接死因支氣管肺炎間有醫療失誤導致術後化膿性腦膜腦炎的介入，則腦膜腦炎為間接死因。
擴展資料：
死因的其他分類：
1、輔助死因（contritutory cause of death）
是主要死因之外的自然性疾病或損傷，它們本身不會致命，但在死亡過程中起到輔助作用。例如嚴重脂肪肝患者因酒精中毒死亡，則酒精中毒為主要死因，而脂肪肝為輔助死因。
巨大動脈瘤患者被人拳擊後動脈瘤破裂死亡，動脈瘤是主要死因而拳擊是輔助死因。
2、誘因（inducing cause of death）
即誘發身體原有潛在疾病惡化而引起死亡的因素，包括各種精神情緒因素、勞累過度、吸煙、外傷、大量飲酒、性交、過度飽食、饑餓、寒冷等。這些因素對健康人壹般不會致命，但對某些重要器官有潛在性病變的人，卻能誘發疾病惡化而引起死亡。
3、聯合死因（combined cause of death）
又稱合並死因，是兩種或兩種以上難以區分主次的死因在同壹案例中聯合在壹起引起死亡而***同構成死因。包括：
a、病與病聯合致死
b、病與暴力聯合致死
c、暴力與暴力聯合致死
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