考古學家在謎壹般的瑪雅遺跡中搜尋多年，找到許多瑪雅文物，其中有許多令人難以理解其涵義。令人驚訝的是其中有些可以辨識的圖案，竟然與現代尖端科技非常接近。
壹九四八年到壹九五二年間，墨西哥籍考古學家路利教授 （Alberto Ruz Lhuiller）在巴倫傑神殿的“碑銘神廟 （The Temple of The Inscriptions）”中，發現在巨大石室的墻上刻有九位盛裝的神官，以及壹位帶有奇妙頭飾的青年浮雕。
經過仔細觀察，發現這個浮雕與現代的太空船十分相似！瑪雅碑銘神廟的浮雕中，刻畫壹個帶頭盔的青年，正在操作壹臺類似飛行器的機器。路利教授在巴倫傑神殿所發現的浮雕和瑪雅碑文有密切的關系。在被解讀出來的碑文中，描述“白色的太陽之子，仿效雷神，從兩手中噴出火……”
懷疑者會說，這恐怕是古代瑪雅人對太陽崇敬想像出來的情景。但是根據路利教授發現的石雕和碑文中所記載的卻是“事實”。如果這張圖真是當初瑪雅人照著他們建造的機器畫的，那麽他們已經具備太空探險的能力。也許精密的歷法，正是遨遊太空的瑪雅人所需要的。
據稱1927年在中美洲伯利茲的瑪雅遺跡中發現水晶制成的頭顱，水晶頭顱完全以石英加工研磨而成，大小幾乎和人類的頭顱骨相同。高十二點七公分，重五點二七公斤，是依照壹個女人的頭顱骨雕成。
有人認為，瑪雅人依照人的頭骨雕成的水晶頭顱，展現了成熟的解剖學與光學技術，利用某種現代科技仍未掌握的碰撞技術制成。水晶頭顱不僅外觀逼真，而且內部結構與人的顱骨構造完全相符。其工藝水平極高，隱藏在基底的菱鏡和眼窩中琢磨的透鏡組合在壹起，發出眩目的亮光。
現代光學技術產生於十七世紀，而人類準確地認識自己的骨骼結構是在十八世紀解剖學興起以後。水晶頭顱卻是在非常了解人體骨骼構造和光學原理的基礎上雕刻而成，瑪雅人是如何掌握高深的解剖學和光學知識的？ 水晶即石英晶體，硬度非常高，僅次於鉆石（金鋼石）和剛玉，用銅、鐵或石制工具，都無法進行加工。即使是現代人要雕琢水晶制品，也只能使用金剛石等現代工具。
壹些迷信水晶頭骨神秘傳說的人稱，地球上有13個水晶頭骨，它們是瑪雅人的聖物，具有超凡的力量。如果將這13個水晶頭骨放在壹起，就能揭示人類過去和未來的秘密。目前，法國、英國的壹些博物館以及個別收藏者總***收藏著幾十個來源紛雜的水晶頭骨。
法國凱布朗利原始藝術博物館2007年委托法國博物館修復和研究中心對其收藏的水晶頭骨進行了鑒定。科學家們的結論是，這可能是壹件創作於19世紀中葉的“藝術品”。研究中心的托馬·卡利加羅和伊萬·科基諾指出：“無法確定它是哥倫布發現美洲大陸前的藝術品，因為它的上面存在明顯刮痕和只有現代工具才能創造出來的光澤度。”
此前，科學家對倫敦大英博物館館藏的壹個水晶頭骨研究後也證實，那不過是個偽造品。
實際上，科學家早已認定，所謂的“水晶頭骨”傳說只是個迷信的騙局。 考古學家發現壹個神秘罕見的“死亡瓶”，其歷史可追溯至1400年前瑪雅文明時期，考古學家稱，這是迄今為止發現的第壹個“死亡瓶”，可能是當時瑪雅人祭祀時使用的通靈物品，通過這項研究將使科學家進壹步揭示瑪雅古文明。
考古學家指出，這個瓶子的類型尚屬當今考古界的首例，這是壹個沒有瓶塞的瓶子，屬於瑪雅烏盧阿風格裝飾瓶，其作用是古瑪雅人祭祀時與祖先“通靈”的器皿，在瓶底還殘留著祭祀供奉食物、可可灌腸液以及誘導嘔吐的迷藥。據悉這個被命名為“死亡瓶”的神秘瓶子，於2005年在洪都拉斯西北部壹個小型金字塔狀宮殿下挖掘出土，瓶子旁有壹具人體骨骼殘骸。瓶內和外部的土壤分析顯示其中包含玉米、可可豆和人工吐根樹花粉，人體服用花粉後會出現嚴重嘔吐現象。
負責此項考古研究的南佛羅裏達州大學人類學家克裏斯蒂安·韋爾斯說，這個神秘瓶子是古代瑪雅人在祭祀儀式中使用的器皿，服用瓶內的“迷藥”會精神恍惚。古瑪雅人認為在這種狀態下能夠實現與祖先“通靈”，通過與祖先的接觸和溝通可以預知未來。據記載，古瑪雅人祭祀時有以下幾種通靈方式：祭祀者對自己的身體進行切割或放血；口服大量的濃可可灌腸液產生昏迷；或者是吸食人腦漿然後嘔吐。產生的昏迷使服用者進入幻覺狀態。
韋爾斯帶領的考古小組認為，這個白色大理石質地的瓶子將有助於揭示瑪雅烏盧阿風格裝飾瓶（Ulúa-style vases）的神秘面紗，至今仍不是很清楚瓶子的真實用途。
雖然考古學家對瓶子的用途找到了壹些線索，但仍對瓶子的出土地點困惑不解。這個瓶子出土於洪都拉斯壹個偏僻的小型瑪雅遺址，是在壹個類似金字塔的宮殿下挖掘到的。其頂端有壹單個的房屋，非常精美細致。
考古小組猜測，埋葬於金字塔狀宮殿下的瑪雅人是當地的歷史重要人物，可能是標誌壹個文明時代結束的瑪雅人祖先。據悉，同時出土的還有壹些文物，但最為貴重的只有這個“死亡瓶”，瓶子雕刻卷軸和類似毒蛇的圖案。
2007年，考古學家通過對宇宙的觀測和當地的巖石變化進行研究，發現當時每兩個世紀有壹次強烈的幹旱，與天文學家發現的太陽振動波驚人的吻合。太陽受宇宙的影響，每二百年會發生壹次振動波，出現比往年高出很多倍的高溫天氣。由於當時的政治情況每況愈下，不能解決幹旱問題，最終導致瑪雅文明的消亡。當然這只是考古學家的猜測。瑪雅人非常精通天文學，如果是因為太陽的振動波使文明消亡，就具有諷刺意味。 瑪雅人創造出了令人稱奇的高度文明，但是古典期瑪雅文明為何突然消失，至今還沒有確實的定論。科學家和考古學家，對瑪雅文明湮滅之謎，提出了許多假設，諸如外族入侵、人口爆炸、感染疾病、氣候變化、農民起義等。
就瑪雅的地理環境而言，現今最為人所信服的是由於文明過度的發展（部分城市中曾有現代都市的人口密度，導致資源消耗過大與環境破壞，再加之遇上的各種災難，生活在脆弱的雨林及采用原始遊耕技術的瑪雅人難以負擔龐大的人口，甚至發生了資源爭奪戰爭，導致瑪雅人遠走他鄉。
另外，瑪雅高深的知識和文化只掌握在極少數貴族和祭司的手中，占瑪雅人口絕大多數的平民和奴隸完全是文盲。養尊處優的貴族知識分子，在繁華殆盡後難以生存，乃至很快消失。而後古典期的瑪雅文明，在奇琴·伊察時代有著些許不同（傳說受到托爾特克人入侵的影響），但更具活力，之後的繼承者沒辦法保持奇琴·伊察的活力，征兆是建築不再興建及城市生活的消失。當阿茲特克帝國在14世紀興起時，瑪雅已經進入衰落期。
生態危機論
瑪雅文明雖然是城市文明，卻建立在玉米農業的根基之上。自古以來，瑪雅農民采用壹種極原始的“米爾帕”耕作法：他們先把樹木統統砍光，過壹段時間幹燥以後，在雨季到來之前放火焚毀，以草木灰作肥料，覆蓋住貧瘠的雨林土壤。燒壹次種壹茬，其後要休耕1－3年，有的地方甚至要長達6年，待草木長得比較茂盛之後再燒再種。當古典期文明繁盛、人口大增時，農業的壓力越來越大，人們更多地毀林開荒，同時把休耕時間盡量縮短，然而這樣壹來，雨水更容易沖走肥沃的土壤，導致土壤肥力下降，玉米產量也跟著越來越少。瑪雅文明在人口大發展之後，面臨著生態環境惡化、生活資源枯竭的嚴重問題（熱帶雨林的降雨主要依賴樹木），作為人口主體的農民食不果腹，社會狀況壹落千丈。
更為嚴重的是，在神權政治的體制下，瑪雅王族和祭司將這種種“衰敗之象”都歸結為神的不滿。他們更多地建神廟，更頻繁、更隆重地祈禱，期盼能借神力扭轉乾坤。當然，這樣做的結果是浪費了更多的人力和已十分貧乏的資源，直至陷入不可救藥的惡性循環。隨著農業生產供應的嚴重匱乏，瑪雅古典期高度發達的文化也開始崩潰。當城市周圍貧瘠的荒地連成壹片，饑餓就迫使瑪雅人棄城而去。經過百年衰敗動蕩之後，中央低地各城邦都湮沒在熱帶叢莽之中。
衰落原因
瑪雅人在如此興盛的時期之後，何以在很短的時間內迅速衰敗？原因眾說紛紜，至今仍是不解之謎。雖然瑪雅人在極短的時間內驟然減少，但形成的原因由來已久。造成瑪雅人衰敗的因素有以下幾個方面：
人口爆炸
瑪雅人居住的地區不大，營造的居住城市更小。在如此狹小的面積上，人口無節制的繁殖，興盛時期曾達到數百萬人口。這樣壹個龐大的群體，在當時是壹個重大的社會負擔。當承受能力崩潰時，其頭領必然會作出壹定的決斷，從而導致大規模、閃電般的移民，繁榮昌盛的瑪雅石造城市，幾乎在壹夜之間成了孤城。
糧食不足
瑪雅人當時選擇居住地區時，忽視了農業的生產條件。所處的土地不肥沃，不適宜種谷物、稻米，只能種植紅薯之類的副食品充饑，或者以木瓜、香蕉、柑桔之類的果品為食。而且收獲的數量遠不能滿足人口增加的需求。長期解決不了數以萬計的人口的飲食問題，必然對社會形成壹種危機。俗話說“民以食為天”，面對長年累月的缺糧，難免造成社會的不穩定。為了根本解決這壹難題，可能決策者作出新的選擇——到新的世界去開辟新天地。從而導致了瑪雅人的大遷移，由於人去樓空，造成瑪雅人居住地區的衰敗。
自然災害
中美洲是強烈地震曾經發生的地方，該地區歷史上曾出現震級較強的地震。而中美洲的部分地區深受臺風、颶風之苦。歷史上瑪雅人所居住的地區，難免遭受地震之害和風災之苦。頻繁出現的自然災害，對於瑪雅人來說，不僅形成了威脅，使興旺發達的瑪雅人經受了嚴峻的考驗。其頭領自然會思量擺脫困境的辦法。“窮則思變”，在無法擺脫當前困境的情況下，很自然的會考慮退卻之路，經過精密的安排之後，出現了瑪雅人大逃亡的壹幕。
外來侵擾
據調查瑪雅人十分仁慈，對於人間爭鬥是不贊成的，認為人殺人更是不可理解。就連宰殺動物都是禁止的，所以在與相鄰的人類交往中，總是處在弱者的地位。倘有外敵入侵，瑪雅人必然以失敗告終，而這種外界的侵擾總是難免的。倘若這種侵擾時有發生，瑪雅人在反抗無力、無法避免的情況下，必然導致集體遷移。
疾病傳播
據考證瑪雅人昌盛時，居住地區是比較文明衛生的，而且醫療條件高於周圍的人類。然而通過相鄰的人類侵擾和交流，把當時存在的種種傳染病，傳播到了瑪雅人的居住區，從而導致傳染病的流行。這樣不僅危及成年人的健康，也影響到後代的生長。在當時的情況下，其頭領為了避開疾病的傳播，毅然決定離開當時的居住地，遷移到壹個新的天地裏去重新開始新的生活。
能源匱乏
據推測瑪雅人當時還沒有電力作能源，也不可能利用煤炭或者石油作燃料，沒有發現用風作能源或動力的痕跡，只能認為是依靠太陽的熱能為生活服務。從殘留的遺址中表明，僅依靠太陽熱量作為生活能源供應顯然是捉襟見肘。隨著人口的急劇增加，能源的匱乏便是壹件急切需要解決的問題。要正常生活能源就是必不可少的。瑪雅人的科技水平已不能與原始人同日而語，肯定是吃熟食、飲熱水。在那麽狹小的地區，養活數以萬計的人口，顯然能源達不到要求。久而久之，能源匱乏將產生“窮則思變”的想法，其頭領可能因為能源的嚴重供不應求而尋求移民的措施。
星外決策
瑪雅人的祖先很可能是外星人，瑪雅人不過是外星人的後裔。瑪雅人與外星系的祖先，可能保持密切聯系和經常交往。當瑪雅人人口劇增、糧食不足、自然災害等導致困難重重、矛盾層出，使之不能自拔時，外星世界的祖先會作出大轉移的決策，下達動遷的命令，從而使瑪雅人以迅雷不及掩耳的速度，對地球上的瑪雅人進行了太空大轉移，讓絕大多數的瑪雅人，遷往另壹個星球，開始他們的新生活。
兄弟相殘
（美國）範德比爾特大學中美洲考古學院的阿瑟·德馬雷斯特宣布，新發現的象形文字位於危地馬拉的多斯皮拉斯。那裏有壹座古代金字塔，今夏的壹場颶風刮倒了壹株大樹，露出18級隱藏許久的臺階。範德比爾特大學的另壹名瑪雅問題研究專家費德裏科·法森說：“好幾百個新的象形文字填補了瑪雅歷史上壹段長達60年的空白，澄清了在這個關鍵時期裏的政治和軍事關系。”
德馬雷斯特介紹說，在7世紀和8世紀，當地曾發生過許多戰事。現在看來，這竟然是瑪雅人的“世界大戰”，牽涉到兩大主要城邦控制下的所有城市。
多斯皮拉斯建立於公元629年，本是古代瑪雅城邦蒂卡爾的壹個軍事前哨。蒂卡爾王派自己的弟弟統治這裏。臺階上的文字說，多斯皮拉斯王與蒂卡爾王長年結盟。但後來卡拉克穆爾城邦從北方——現在的墨西哥——前來征服了多斯皮拉斯，俘虜了國王，又把他當作傀儡送回王位。 變節投誠於卡拉克穆爾的多斯皮拉斯王向蒂卡爾發動了壹場十年戰爭，並獲得了勝利。他率領軍隊洗劫蒂卡爾，把那裏的國王———自己的親兄弟———和其他貴族帶到多斯皮拉斯殺死祭神。此後，多斯皮拉斯以卡拉克穆爾為靠山，四處征戰，成為壹方霸主。 這時的瑪雅文明眼看就要走向更高的組織形式，鞏固成為單壹的大帝國。然而蒂卡爾被洗劫後又卷土重來，打垮了卡拉克穆爾。整個瑪雅世界從此分裂成許多地方集權，進入了激烈的小規模戰爭時期，並最終導致了瑪雅文明的衰敗。而多斯皮拉斯在公元760年被遺棄，從此壹蹶不振。 德馬雷斯特說，倫敦大學的西蒙·馬丁和波恩大學的尼古拉·格魯貝曾經指出，是蒂卡爾和卡拉克穆爾這兩大城邦的長年鏖戰導致了瑪雅文明的毀滅。如今他們的觀點得到了有力的證明。（據2002年10月23日《北京晨報》）
外星人說
面對瑪雅輝煌的古代文明，誰都會問這壹切從何而來？史學界的材料表明，在瑪雅燦爛文明誕生以前，瑪雅人仍巢居樹穴，以漁獵為生，其生活近乎原始。甚至有人對瑪雅人是否為美洲土著表示懷疑。因為沒有證據表明，中美洲叢林中這奇跡般的文明存在壹種漸變或過渡階段。
瑪雅文明的興衰籠罩著壹層謎，沒有壹種說法有充足的證據令人信服。
美國的艾力克和哥雷克兩兄弟所言的“外太空人起源說”，重要依據是關於瑪雅的“卓金歷”。他們認為具如此高水準天文學的瑪雅人，並非是要編造公轉周期中毫無根據的“卓金歷”，此歷只是瑪雅人用來表明自己的故鄉——“地球外的行星”的歷法。如果“卓金歷”果真如此，就可以推知這顆行星的形態。
公轉周期為260日的行星，應是位於金星和地球中間，且此行星十分溫暖。故古典期的瑪雅人選擇地球上酷熱的熱帶雨林居住，可印證此觀點。
據艾力克和哥雷克所言，“外太空人”是數十萬年前，為采礦而離開故鄉的行星，來到X行星的。由於X行星發生爆炸，才到地球避難。最初居住的地方是溫暖的南極，但因其冰河期來臨，故移至北方，最後抵達之處是中美的密林。
誠如舊時代的文明在此興盛壹樣，故鄉的行星供給食物，也有太空船。所以瑪雅族不必居住於肥沃河川的流域。文明時代的瑪雅，因拒絕與當時原始的地球人接觸。雖然建造高度文化水準的都市，仍采取封閉政策。為了建造石造都市群，使用當時還未有的種種工藝技術，以及利用原住民為其原動力。大部分被視為“奉獻給神的祭品”的宗教儀式，其實是地球人的人體解剖及醫學手術，這些牲品的場面殘留在雕刻及壁畫中。
“瑪雅人”之所以於九世紀壹起離開地球，是因為墨西哥高原的印第安人發動戰爭，欲將瑪雅文明占為己有。於是瑪雅人將所有的設備、器具放在太空船上，飛向外太空。
大概能證明這種說法的書籍，就是十八世紀初，由基督教神父法蘭西斯·喜梅奈斯發現的《波波爾烏夫》（又譯《危地馬拉州印地安的起源》），書中幾乎未記述瑪雅人的事跡，而是瑪雅人的神話。這本瑪雅的古事記用瑪雅系奇吉族語言寫成。根據此書的記載，人類和世界曾被創造三回，並毀滅三回。第四回時，創造了世界和人類。但奇吉族的祖先說其他的民族，與傳說中的祖先完全不同。
總之，在人跡湮沒的熱帶叢林地帶，建造世界超文明，處於黃金時代的瑪雅人突然消失之謎，過於深奧費解。 在尤卡坦半島上，聳立著九座巍峨的金字塔，與埃及最早的幾座金字塔相比是孿生的姐妹。同類的建築在英國和法國已發現。
瑪雅人金字塔的天文方位計算極為精確：天狼星的光線經過南墻上的氣流通道，直射到上面廳堂中的法老頭部；北極星的光線通過北墻的氣流通道，徑直射進下面的廳堂。
然而金字塔與塔頂上的神龕極不相稱，整個金字塔的建造水平是如此之高，神龕卻相當粗糙，人們推測神龕可能是後來加上去的。100多年前從金字塔中發掘出來的文物，已有壹部分被辨認出來：原來是壹些精致的透鏡、蓄電池、變壓器、太陽系模型碎片、不銹鋼和其它未知合金制成的機械和工具。
據此有人推測，金字塔早先可能是壹種瑪雅祖先的供應庫，只是由於金字塔內部的奇特空間形狀，能使停放在金字塔內壹定部位的屍體不腐，因此渴望永生的民族，把首領遺體放入供應物已用盡的建築物中，是可以理解的。與埃及的金字塔不同，尤卡坦半島上的金字塔更像壹個祭壇，功用不僅是國王或首領的墳墓。
太陽金字塔（西班牙語：Pirámide del Sol），是墨西哥提奧提華坎遺跡中最大的建築，也是中美洲最大的建築之壹，位於“亡者之路”中段的東側，也位於月亮金字塔（Pyramid of the Moon）與被稱為“The Ciudadela”的小型金字塔之間，塞羅戈多山（Cerro Gordo）附近，是提奧提華坎遺跡核心巨大復合體的壹部分。
金字塔的方位可能有人類學上的重要性。太陽金字塔是稍微偏向4月29日與8月12日兩天的日落水平點的西北邊，這兩天是特奧蒂瓦坎人占蔔歷年。8月12日這壹天是重要的，標誌著瑪雅長期積日制歷法的起始。除此之外，許多重要的天文活動可以在金字塔的地點觀測到，這些資訊對古代社會的農業與宗教系統都是相當重要的。 瑪雅文明是中南美洲區域的文明，與傳說相反，瑪雅人從未消失，仍有三百萬現代瑪雅人居住在尤卡坦半島地區，很多人至今仍然能說瑪雅語系的語言。瑪雅從未有壹個統壹的強大王國，整個瑪雅地區分成數以百計的城邦，瑪雅各邦在語言文字、宗教信仰、習俗傳統上卻屬於同壹個文化圈。