1，功能區別:博鰲專業版和網絡版的功能不完全壹樣。博鰲專業版提供了更多的生物信息學分析工具和功能，如基因本體分析、通路分析、蛋白質相互作用網絡分析等。網絡版相對簡化，提供了壹些基本的生物信息學分析工具和功能，如序列比對、基因註釋、基因表達譜分析等。
2.安裝方式不同:博鰲專業版需要安裝在個人電腦上，用戶可以離線使用，而線上版基於雲計算技術，用戶可以通過瀏覽器登錄平臺，無需在本地安裝任何軟件，只要有網絡連接即可。