根據上述職責，市財政局設19個職能處室：
（壹）辦公室（行政審批處）
協助局領導處理機關日常政務工作；負責機要、文電、信訪、保密、信息、檔案、財稅年鑒、大事記、電子政務和辦公自動化等工作；負責組織綜合調研、有關報告和文稿的起草和審核；負責有關會議的組織、政務公開、新聞宣傳和對外聯絡工作；負責市人大代表建議、政協委員提案和上級交辦件的督辦工作；負責行政審批管理工作。
（二）組織人事處
承擔局黨委秘書的日常工作；負責擬訂並組織實施幹部人事制度；負責局機關及下屬單位的領導班子和領導幹部的日常管理工作；管理和指導局機關及下屬單位的機構編制、幹部選拔任用、人員調配、勞動工資、人事檔案和有關外事等工作；管理縣（市）地方稅務機關的領導幹部；負責局機關和直屬單位離退休幹部的服務管理工作。
（三）基層工作處（教育處）
負責財稅系統精神文明建設、思想政治和教育培訓工作；承擔文明創建、考核評比、表彰獎勵等工作；開展局機關和直屬單位幹部職工的專題政治理論教育和日常教育培訓；承辦局黨委中心組理論學習的有關工作；指導局幹部教育培訓中心工作。
（四）法規處
負責有關財稅規範性文件的審核工作；擬訂並組織實施財稅系統依法行政、依法治稅工作方案；組織指導本系統財稅法制宣傳教育、政策效應評估和反補貼案件的應對工作；負責提出本市財稅地方性法規、規章的立法計劃建議；監督檢查地方稅收法律、法規執行情況；參與擬訂地方性法規和規章草案中涉及財稅的條款，參與重大財稅案件的審理工作；承辦財稅行政復議、訴訟、國家賠償案件和法律咨詢服務等工作。
（五）預算局
負責編制中長期財政規劃草案；參與制定宏觀經濟政策，提出運用財稅政策實施宏觀調控的建議；研究提出全市財政體制方案，並組織實施；擬訂各縣(市)區有關財政分配政策；提出財力綜合平衡方案；辦理上、下級財政結算；牽頭負責財政綜合預算管理，負責壹般預算、地方政府性債務計劃的編制和管理，並做好相關統計工作；負責制定壹般預算管理制度和收支政策；配合有關部門做好行政單位收入分配和津補貼管理工作；牽頭負責預算信息公開及“三公經費”統計工作；牽頭負責稅政政策調研；指導縣(市)區和鄉鎮財政預算管理工作；指導預算會計研究會工作。
（六）國庫局
組織實施財政國庫管理制度、總預算會計制度和行政事業單位會計制度；研究制定全市財政國庫管理改革方案，組織實施市本級改革工作，指導縣（市）財政國庫管理工作；負責財政專戶資金收付核算統壹歸口管理工作，研究制定預算單位銀行賬戶管理制度，管理和審批本級預算單位銀行賬戶的開立、變更和備案；負責財政預算總會計、財政專戶資金及非稅征管收入的核算工作；負責財政收支統計，預測分析預算執行情況；負責編制本級財政總決算，匯審全市財政總決算；負責預算單位部門決算的布置和匯審工作；辦理縣(市)區財政的資金調度和結算；組織實施本級國庫現金管理工作；指導國庫收付中心工作。
（七）綜合處
負責制定全市政府非稅收入管理制度和政策；負責編制本級政府非稅收入收支計劃、統計分析和上下級財政結算工作；負責基金預算編制管理和市級政府專項資金、資金收支計劃管理；參與行政事業性收費標準的確定和年度驗審等相關監管；會同有關方面制定全市土地、海域、礦產等國有資源收支政策，負責本級土地出讓金、海域使用金、礦產有償使用費管理；負責全市住房資金、彩票市場的監管；負責市本級彩票管理機構財務管理，審核彩票公益金使用計劃；負責罰沒財物處置的管理工作；負責財政票據管理，指導票據監管中心工作。
（八）基本建設處
負責分管部門（單位）的預決算、基本建設項目的審查監督和財政財務管理有關工作，研究提出相關財政政策；參與編制分管部門（單位）行業發展規劃；負責匯總、編制基本建設計劃；負責管理重大項目資金；牽頭管理市財力基本建設、援疆資金、城市維護和城市建設管理等財政專項資金，會同有關部門安排年度資金執行計劃，研究制定相關管理辦法；制定基本建設財政財務管理制度；參與政府投融資體制改革的研究，協同有關部門管理建設工程造價、制定政府投資項目的招投標、投資評審等配套制度；指導市重點項目辦公室的工作,聯系臨港重大項目辦財務管理工作。
（九）行政政法處
組織實施《行政單位財務規則》和相關會計制度；制定行政單位財務管理制度和綜合性開支、涉外開支範圍及標準；制定分管部門（單位）的專項資金使用財務管理辦法；負責對分管部門（單位）財務基礎管理和執行制度、規定情況的監督檢查；監督管理道路交通事故社會救助等基金；協同公務用車治理；聯系中央單位駐甬機構財務工作。
（十）教科文處
參與研究事業單位改革和優化事業支出結構；研究提出財政支持教科文事業改革和發展的政策建議；組織實施《事業單位財務規則》和相關會計制度；負責事業單位綜合性開支標準的制定、修訂和解釋工作；參與制定事業單位績效工資改革有關政策；監督分析分管部門（單位）的預算執行情況；負責教科文專項資金的管理。
（十壹）農業處（農業綜合開發辦公室、農村綜合改革領導小組辦公室）
負責研究財政支農政策；負責編制和監督執行全市及市本級各項財政支農支出預算；擬訂和完善財政支農資金使用管理制度和辦法；負責編制全市農業綜合開發規劃；擬訂農業綜合開發的政策及項目、資金、財務管理制度；監督管理農業綜合開發資金和項目的實施；負責擬訂全市農村綜合改革村級組織建設、村級公益事業“壹事壹議”籌資籌勞財政獎補等財政政策措施，監管項目資金；承擔市農村綜合改革工作領導小組辦公室日常工作。
（十二）社會保障處
負責編制市本級、匯總審核全市社會保障基金預決算，監督管理基金預算執行，組織基金使用情況監督檢查，完善基金財務管理制度；參與制定社會保障、衛生事業改革的有關政策，負責擬訂相關改革的財政配套辦法。
（十三）工交商貿處
負責國有資本經營預算的編制及相關管理工作；負責有關歸口行業及產業的財政扶持企業專項資金的管理；負責市級糧油、棉花、生豬等儲備商品的財政專項補貼和風險資金管理；負責分管部門（單位）企業有關財務報表的匯總編報和分析。
（十四）外經金融處
負責外資企業財政年檢；負責城市商業銀行和農村合作金融機構的財務管理工作；負責管理全市國際金融組織和外國政府的貸（贈）款業務；負責政府外債項目的管理；負責財政預算內行政機構、事業單位和社會團體的非貿易外匯管理。
（十五）會計管理處
負責監管全市會計工作,研究制定全市會計管理制度,組織實施會計法律、法規、制度；負責會計核算制度、會計基礎工作規範、企業內控制度規範、會計繼續教育和會計從業資格等管理工作；組織全市會計從業資格、會計專業技術資格及註冊會計師的考試；開展全市會計領軍（後備）人才培養工作；負責管理全市代理記賬機構，受委托管理會計中介服務機構；負責指導和監督市註冊會計師協會、會計學會、珠心算協會的工作；承擔市註冊會計師協會行業黨委的日常黨務工作。
（十六）行政事業資產管理處
研究擬訂全市行政事業單位國有資產管理的政策和制度；負責市級行政事業單位國有資產配置、使用和處置等管理工作；指導各縣（市）區行政事業單位國有資產管理工作；負責擬訂事業單位轉制改革的有關財政政策，參與市級事業單位的轉制改革工作；主持市資產評估協會秘書處的日常工作；組織開展資產評估行業自律檢查；負責組織開展註冊資產評估師後續教育培訓，以及註冊管理、年審等管理工作。
（十七）財政監督局
組織實施市級財政支出績效評價工作；負責擬訂財政支出績效評價的相關政策、制度和辦法，制定財政支出績效評價指標與標準體系；負責建立與管理績效評價中介機構庫和專家庫，組織指導中介機構和專家參與績效評價工作並對其評價質量進行監督；建立績效評價工作信息庫和績效評價結果應用機制，提出優化財政支出結構與管理的意見和建議；牽頭組織實施各項財政監督職責；研究擬訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅、會計的法律、法規、規章、政策的落實情況；檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；依法查處違反財政紀律案件；負責會計信息質量檢查；監督檢查財稅局內部各職能處室和直屬單位履行財稅管理職責、單位預算、財務收支與資產管理、內部控制等情況；配合有關部門開展維護財經法紀的宣傳教育。
（十八）政府采購辦公室
擬訂全市政府采購政策，監管政府采購工作；審核、匯總政府采購年度預算和月度執行計劃；擬訂政府采購目錄和標準，審核政府采購方式和進口產品采購；受理政府采購質疑、投訴事宜，負責評審專家庫的建設、管理；建設、管理政府采購信息和交易平臺，負責信息統計、分析和上報；負責政府采購業務培訓、代理機構管理及考核；組織《政府采購協議》文本的修訂工作。
（十九）後勤管理處
負責局及系統內的財務管理，組織編制和執行本級及下屬單位財務預、決算，擬訂經費分配計劃並監督檢查執行情況；負責局機關後勤保障等工作，協調會務等有關工作；負責有關基建項目的組織籌劃工作；管理和指導局機關及下屬單位的行政性收費、固定資產、裝備、物業和安全保衛等工作；負責稅務制服的管理工作；管理招待所工作。
機關黨委。負責市局機關和直屬單位的黨群工作。