1.顏色:黑頭蒼蠅有黑色的頭，紅頭蒼蠅有紅色的頭。
2.分布:黑頭蠅廣泛分布於世界大部分地區，而紅頭蠅主要分布於亞洲，在中國主要分布於新疆和內蒙古。
3.繁殖能力:黑頭蒼蠅的繁殖能力很強，壹年可以繁殖多次，而紅頭蒼蠅的繁殖能力相對較弱，壹年繁殖壹至兩次。
4.偏好:黑頭蒼蠅喜歡白天活動，紅頭蒼蠅喜歡晚上活動。
5.壽命:黑頭蒼蠅的壽命約為1-5天，而紅頭蒼蠅的壽命約為7天。
總的來說，這兩種蠅雖然在分類學上屬於蠅科，但在上述五個方面還是有明顯的區別。