內部審計與註冊會計師審計的區別主要有以下幾點：
1.審計獨立性不同。內部審計受本部門、本單位直接領導，僅僅強調與其他職能部門相對獨立，與雙向獨立的註冊會計師審計不可同日而語。
2.審計方式不同。內部審計根據本部門、本革位經營管理的需要自覺施行、而註冊會計師審計則是受托進行。
3.審計內容和目的不同。內部審計的內容主要是審查各項內部控制制度的執行情況、提出各項改進措施;而註冊會計師審計依據獨立審計準則，主要圍繞會計報表進行，是對審計後的會計報表發表審計意見。
4.審計職責和作用不同。內部審計的結果只對本部門、本單位負責，對外不起鑒證作用。並向外界保密;而註冊會計師審計需要對投資者、債權人以及社會公眾負責，對外出具的審計報告具有鑒證作用。
5．兩者審計的時間不同。內部審計通常對單位內部組織采用定期或不定期審計，時間安排比較靈活；而註冊會計師審計通常是定期審計，每年對被審計單位的財務報表審計壹次。
6.兩者遵循的審計標準不同。內部審計人員遵循的是內部審計準則；而註冊會計師遵循的是註冊會計師審計準則。