南京財經大學的會計系和南京審計大學的會計系比南京財經大學的會計系的師資力量更深厚、專業級別更高，南京審計大學的會計系精品課程更齊全。
壹、師資力量
1、南京財經大學的會計系：南京財經大學的會計系有專任教師72人。其中教授10人，副教授39人，講師21人，助教2人。博士（含在讀）22人。師資力量更深厚。
2、南京審計大學的會計系：南京審計大學的會計系有專任教師50人，兼職教師3人。專任教師中，有教授8人（占比16%），副教授24人（占比48%）。師資力量更缺乏。
二、精品課程
1、南京財經大學的會計系：南京財經大學的會計系有省級精品（優秀）課程18門。精品課程更缺失。
2、南京審計大學的會計系：南京審計大學的會計系有國家級精品課程15門、國家級雙語示範課程6門。精品課程更齊全。
三、專業級別
1、南京財經大學的會計系：南京財經大學的會計系有江蘇省品牌專業2個；江蘇省特色專業6個。專業級別更高。
2、南京審計大學的會計系：南京審計大學的會計系有江蘇省“十二五”重點專業5個。專業級別更低。