民辦高校究竟采用什麽樣的會計制度，《民辦教育促進法》及其《實施條例》均沒有明確合理的規定。在實踐當中，有些民辦高校使用《高校會計制度》或《事業單位會計制度》進行會計核算和賬務處理，有些甚至套用《企業會計制度》進行會計核算和賬務處理。這樣，就不利於民辦高校的統壹管理，阻礙民辦教育的發展。
由於民辦高校采用的會計制度不統壹，就造成民辦高校在財務管理上的不科學和不規範。導致有關部門對民辦高校的財務管理難以到位，不利於對民辦高校財務會計的監管。加之民辦高校的資金均來看民間，有些主管部門甚至缺失對其財務上的監管。民辦高校如何選擇會計制度已經迫在眉睫。
2004年8月18日，財政部發布了《民間非營利組織會計制度》，該制度的頒布實施，從理論上結束了民辦高校沒有統壹的會計制度的問題，解決了民辦高校
適用會計規範問題。而另壹方面的矛盾又突顯出來，那就是民辦高校和公辦高校核算口徑不統壹的問題，民辦高校適用《民間非營利組織會計制度》，公辦高校適用
《高等學校會計制度》，這兩種會計制度相差甚遠。國家反復強調民辦高校和公辦高校壹樣享有同等待遇，同時在《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010
—2020年）》中又重新提到，足見國家對民辦高校的重視程度，但單從會計制度上的確看不到絲毫“同等”，會計制度的不統壹，使得政府對民辦高校的指導和
管理大打折扣，對民辦高校的自身發展也是極為不利的。財政部會計司於2009年公布了《高等學校會計制度》征求意見稿，此征求意見稿只針對於公辦高校，對
於民辦高校的會計改革卻只字未提。
二、民辦高校與公辦高校的異同
《中華人民***
和國民辦教育促進法》規定:“民辦教育事業屬於公益性事業，是社會主義教育事業的組成部分；民辦學校與公辦學校具有同等的法律地位；民辦學校的教師、受教
育者與公辦學校的教師、受教育者具有同等的法律地位；民辦學校教職工在業務培訓、職務聘任、教齡和工齡計算、表彰獎勵、社會活動等方面依法享有與公辦學校
教職工同等權利；民辦學校的受教育者在升學、就業、社會優待以及參加先進評選等方面享有與同級同類公辦學校的受教育者同等權利。”從這壹系列的規定中不難看出民辦高校的性質理應與公辦高校壹樣，是民辦事業單位。但在具體的實踐中，民辦學校被納入“民辦非企業單位”進行法人登記，定性為“民辦非企業單位”。
兩者差異具體體現在：
1、主體差異。公辦高校是國家開辦的，屬於事業單位，適用《高等學校會計制度》。民辦高校是國家機構以外的組織或個人開辦的，註冊類型通常為民辦非企業
單位，適用《民間非營利組織會計制度》。然而民辦高校也不完全“非營利”，《民辦教育促進法》第五十壹條規定：“民辦學校在扣除辦學成本、預留發展基金以
及按照國家有關規定提取的其他必需的費用後，出資人可以從辦學結余中取得合理回報。”這裏提到的“合理回報”就是民辦高校與民間非營利組織的不同之處。
2、經費來源。公辦高校的辦學主體是國家，經費來源是國家財政撥款；民辦高校的辦學主體是國家機構以外的社會組織或個人，辦學經費來自民間。雖然政府有
時也會向壹些民辦高校劃撥少量的財政資金，但這些財政資金在經費支出中所占比例很小。另外，政府還會向民辦高校劃撥諸如獎學金、勵誌獎學金、助學金、夥食
補助、困難家庭補助等財政資金，此筆款項並非用於學校，而是發放給學生。