雖然內部審計工作的某些部分或內部審計師提供的直接協助可能對註冊會計師的工作有所幫助，但註冊會計師必須對與財務報表審計有關的所有重大問題獨立作出專業判斷，而不應完全依賴內部審計工作。通常，審計過程中涉及的專業判斷，如重大錯報風險的評估、重要性水平的確定、樣本量的確定、會計政策和會計估計的評價等，都應由註冊會計師進行。