1，成立時間不同
吉林師範大學創建於1958，15年9月，當時命名為四平師範學院。內蒙古師範大學，原名內蒙古師範大學，創建於當時的首都烏蘭浩特，1952年5月5日。
2.不同地區。
吉林師範大學位於吉林省四平市，內蒙古師範大學位於內蒙古自治區呼和浩特市。
3.不同的專業設置
吉林師範大學開設漢語言文學、漢語國際教育、書法、英語、俄語、日語、韓語、商務英語、德語、西班牙語等67個本科專業，涵蓋文學、歷史、法律、教育、科學、工程、藝術、管理、經濟9個學科門類。
學校開設經濟學、農村區域發展、會計學、經濟金融、人力資源管理、社會學、社會工作、政治與行政管理、法學、哲學、行政學、思想政治教育、教育學等92個本科專業。(含30個蒙語教學專業)，覆蓋10個學科。