墊付運費計入應收賬款科目。
應收賬款是指企業因銷售商品、提供勞務等經營活動，應向購貨單位或接受勞務單位收取的款項。
其他應收賬款包括應收的各種賠款、罰款，如因企業財產等遭受意外損失而向有關保險公司收取的賠款等;應收的出租包裝物租金;應向職工收取的各種墊付款項，如為職工墊付的水電費、應由職工負擔的醫藥費;存出保證金，如租入包裝物支付的押金;其他各種應收、暫付款項。
在實務中，銷售方與購貨方在運費結算方面有兩種方式：
壹是代墊(承運單位將運費發票開具給購貨方，銷售方原票轉交)，
二是代收代付(承運單位將運費發票開具給銷售方，銷售方將運費並入貨款)。
代墊運費的會計分錄
1、企業代墊付運費時
借：應收賬款——公司名稱
貸：銀行存款
2、企業收回代墊付的運費時：
借：銀行存款
貸：其他應收款——公司名稱
由於在稅收方面，代墊運費銷售方不需承擔稅負，而代收代付運費則要承擔額外的稅負(因為運費抵扣率只有9%,而並入貨款征稅稅率為13%,低扣高征)，所以，在業務中，銷售方大多希望采用兩票制結算，即代墊運費。