專項資金的分配、使用和管理應當堅持以下原則:
公開、公正、科學、高效；
二是集中使用，突出重點，擇優安排；
3.特殊用途的特殊賬戶；
依法行政，規範管理；
5.跟進有效性和問責制。
嚴格按照規定的審批程序申請專項資金的申報、分配和撥付。專項資金支出預算經法定程序批準後，應及時撥付到項目實施單位。
專項資金應嚴格按照資金分配程序、年度項目計劃和項目進度進行分配。專項資金預算撥款納入國庫集中支付的，按照國庫集中支付的有關規定辦理。專項資金支出預算確定後，嚴禁隨意調整預算和改變支出用途。因客觀原因確需調整專項資金用途、變更項目內容或調整預算的，業務主管部門必須提出變更申請，並附變更政策的依據和說明，按規定程序報批。
專項資金應當專款專用，任何單位和個人不得截留、挪用，不得用於超出專項資金規定使用範圍的支出。專項資金應當設專賬核算。專項資金按照規定實行報賬制，專項資金支出預算屬於政府采購目錄範圍，在編制和發布項目資金預算時應當按照政府采購的有關法律法規執行。
在項目竣工驗收的基礎上，業務部門對專項資金績效進行自評，財務部門進行總體評價。
業務單元的主要領導作為項目管理的第壹責任人，主要負責項目管理。有下列情形之壹的，責令改正，暫停資助；情節嚴重的，扣減專項資金，通報批評，並追究當事人和有關領導的行政責任；觸犯刑律的，移交司法機關處理。
法律依據:專項資金管理制度
為加強和規範我局專項資金管理，根據《中華人民共和國預算法》第二條、《中華人民共和國會計法》和上級專項資金管理的有關規定，結合我局實際，制定本制度。
本制度所稱專項資金(以下簡稱專項資金)是指具有特定項目和指定專項用途的財政資金，包括各級財政專項撥款和上級部門安排的項目資金。