壹、機關司局
1、辦公廳
2、人事勞動司
3、產業政策與法規司
4、農村經濟體制與經營管理司
5、市場與經濟信息司
6、發展計劃司（全國農業資源區劃辦公室）
7、財務司
8、國際合作司
9、科技教育司
10、種植業管理司
11、農業機械化管理司
12、畜牧業司（全國飼料工作辦公室）
13、獸醫局
14、農墾局
15、鄉鎮企業局
16、漁業局（中華人民***和國漁政漁港監督管理局）
17、農產品質量安全監管局
18、機關黨委
19、離退休幹部局
20、中華人民***和國常駐聯合國糧農機構代表處
二、直屬單位
1、農業部機關服務中心（農業部機關服務局）
2、中國農業科學院
3、中國水產科學研究院
4、中國熱帶農業科學院
5、全國農業展覽館（中國農業博物館）
6、中國農業電影電視中心
7、農民日報社
8、中國農業出版社（農村讀物出版社）
9、中國農村雜誌社
10、中國農民體育協會
11、中國農機安全報社
12、農業部管理幹部學院(中央農業幹部教育培訓中心)
13、農業部人力資源開發中心、中國農學會
14、農業部農村經濟研究中心
15、農業部農村合作經濟經營管理總站
16、農業部信息中心
17、農業部農產品質量安全中心
18、中國綠色食品發展中心
19、農業部規劃設計研究院
20、農業部工程建設服務中心
21、農業部財會服務中心（中華農業科教基金會）
22、農業部對外經濟合作中心 （中國－歐洲聯盟農業技術中心）
23、農業部農業貿易促進中心 （中國國際貿易促進委員會農業行業分會、中國國際商會農業行業商會）
24、農業部國際交流服務中心
25、中央農業廣播電視學校(農業部農民科技教育培訓中心)
26、農業部科技發展中心
27、全國農業技術推廣服務中心
28、農業部農藥檢定所
29、農業部優質農產品開發服務中心
30、農業部農業機械試驗鑒定總站
31、農業部農業機械化技術開發推廣總站
32、農業部草原監理中心
33、中國飼料工業協會
34、全國畜牧獸醫總站
35、中國獸醫藥品監察所
36、農業部動物檢疫所
37、中國農墾經濟發展中心 （農業部南亞熱帶作物開發中心）
38、農業部農村社會事業發展中心（農業部鄉鎮企業發展中心）
39、農業部漁政指揮中心（中國漁政指揮中心）
40、農業部黃渤海區漁政漁港監督管理局（中華人民***和國黃渤海區漁政漁港監督管理局）
41、農業部南海區漁政漁港監督管理局（中華人民***和國南海區漁政漁港監督管理局）
42、農業部東海區漁政漁港監督管理局（中華人民***和國東海區漁政漁港監督管理局）
43、農業部漁船檢驗局（中華人民***和國漁業船舶檢驗局）
44、全國水產技術推廣總站
45、中國水產學會
三、主管社團
1、中國農民體育協會
2、海峽兩岸農業交流協會
3、中國農業展覽協會
4、中國農業國際合作促進會
5、中國村社發展促進會
6、中國農業經濟學會
7、中國農業經濟法研究會
8、中國農村合作經濟管理學會
9、中國合作經濟學會
10、中國綠色食品協會
11、中國農產品市場協會
12、中國農業資源與區劃學會
13、中華農業科教基金會
14、中國農業會計學會
15、中國農業國際交流協會
16、中國農業科技國際交流協會
17、中國農村能源行業協會
18、中國沼氣學會
19、中國農業技術經濟研究會
20、中國農業生物技術學會
21、中國原子能農學會
22、中國農業生態環境保護協會
23、中國農業科技管理研究會
24、中國農業技術推廣協會
25、中國農用塑料應用技術學會
26、中國種子協會
27、中國種子貿易協會
28、中國插花花藝協會
29、中國柑桔學會
30、中國國際茶文化研究會
31、中國盆景藝術家協會
32、中國優質農產品開發服務協會
33、中國植物營養與肥料協會
34、中國杜仲綜合開發協會
35、中國農機鑒定檢測協會
36、中國畜牧業協會
37、中國飼料工業協會
38、中國馬業協會
39、中國鴕鳥養殖開發協會
40、中國畜產品加工研究會
41、中國養蜂學會
42、中國動物保健品協會
43、中國小動物保護協會
44、中國農民企業家聯誼會
45、中國鄉鎮企業協會
46、中國奶業協會
47、中國甜菊協會
48、中國農墾經貿流通協會
49、中國農墾經濟研究會
50、中國漁船漁機行業協會
51、中國漁業互保協會
52、中國海藻工業協會
53、中國水產流通與加工協會
54、中國漁業協會
55、中國農藥發展與應用協會