辦公室
擬訂本系統年度工作計劃及長遠發展規劃、有關工作制度；組織起草和審核省局重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼、系統安全保衛等工作；負責機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；制定機關行政事務和辦公規章制度；管理機關財務和其他行政事務；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案的有關事項；負責督查重要事項的落實工作。
政策法規處
擬訂並組織實施本系統依法行政、依法治稅工作方案；組織協調涉及多稅種、綜合性稅收政策的落實工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作，並定期進行清理、評估和反饋；承辦局外涉及多稅種、綜合性稅收政策文件會辦工作；牽頭重大稅收案件審查及規範稅務行政審批工作；承辦稅收規範性文件的備案、備查工作；辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織反補貼案件的應對工作；研究稅收改革和完善稅收管理體制的有關問題；承擔稅收業務的協調和法律事務；指導和檢查本系統稅收建設工作。
貨物和勞務稅處
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等辦法；管理增值稅專用發票；參與有關稅種的日常稽核、日常檢查及納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
所得稅處
組織實施全省企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對所得稅有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施所得稅稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；負責有關減免稅、稅前列支的審核、審批管理工作；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
收入規劃核算處
牽頭編制年度稅收收入計劃、出口退（免）稅計劃，分配下達年度稅收收入和免抵調庫計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；組織開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；組織落實稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關制度；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作，對外發布稅收收入數據。
納稅服務處
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；安排納稅服務工作專項經費使用；協調本系統註冊稅務師行業政策的貫徹實施；促進和引導中介組織參與納稅服務工作。
征管和科技發展處
組織實施綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬定具體操作辦法；研究提出專業化稅收征收管理和稅收征管規程完善的建議；組織實施稅收征管數據管理和應用辦法、綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核和風險管理工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣應用等工作；組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。組織落實稅收管理信息化建設規劃、方案、制度；組織本系統信息技術體系建設和監督、驗收；承擔稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等方面的管理工作；承擔稅收管理信息化制度建設和監督檢查。
財務管理處
擬訂財務管理、基本建設管理等辦法；審核匯編部門預算、決算；組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核征稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；組織實施本系統資產的購置、占有、使用、處置、清理等工作；承擔著裝管理工作。
組織落實政府采購規章制度，擬訂具體實施辦法和操作規程；擬訂年度采購計劃，辦理具體采購事項；規範本系統政府采購業務管理，防範和化解采購風險。
督察內審處
組織實施稅收法律、法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品采購審計和領導幹部經濟責任審計工作；組織實施稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度及稅收執法質量考核工作；督察落實稅收執法檢查結論和各類審計結論。
人事處
組織落實幹部人事制度及稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；承擔人事、機構編制和公務員管理工作；承擔工資、人事檔案、專業技術職務管理等工作；負責本系統領導班子建設；承擔下壹級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督等工作；按照幹部管理權限提出領導幹部的經濟責任審計要求；管理機關和系統外事工作；辦理出國政審事項; 監督檢查本系統執行幹部人事規章制度情況；組織實施系統黨建工作。
巡視工作辦公室
組織落實巡視工作制度，擬訂具體實施辦法；擬訂年度巡視工作計劃，組織開展巡視工作；監督檢查下壹級領導班子及領導幹部執行政治紀律、組織紀律、群眾工作紀律和黨風廉政建設等方面的情況；落實、協調、督辦幹部監督工作聯席會議領導小組議定、決定事項。
教育處
（思想政治工作辦公室）
擬訂並組織實施幹部培訓、學歷教育管理制度、工作規劃、年度培訓計劃；組織開展培訓質量考核與評估；承擔教育培訓經費管理和培訓機構業務管理工作；指導、檢查本系統教育培訓工作。組織制定全省國稅系統思想政治工作規劃、方案和實施意見；對全省國稅系統的思想政治工作進行部署、檢查、考核；負責抓好全系統各類創建活動的規劃、組織、實施、檢查和表彰工作；指導基層開展精神文明創建工作；負責指導全省系統開展稅務文化建設和基層建設；承擔面向社會的稅收宣傳和新聞發布工作。
監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂有關制度、實施辦法；監督檢查本系統各級機關及工作人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守法律、法規情況；監督檢查本系統各級領導班子及其成員維護黨的紀律、貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況並組織開展廉政談話、誡勉談話等；協助黨組加強黨風建設和組織協調反腐敗工作；加強對“兩權”監督制約和開展執法監察、糾風等工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件。
大企業稅收管理處
承擔對大型企業提供納稅服務工作；承擔對大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；組織實施匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查工作。
國際稅務管理處
指導、協調、檢查有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的執行；組織落實非居民企業所得稅征管制度，處理國家（地區）間的有關稅務事項；牽頭組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題。
進出口稅收管理處
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬定稅收管理具體實施辦法；參與編制年度出口退（免）稅計劃，分配下達年度內退稅計劃；組織實施出口退稅管理工作；監督檢查進出口稅收政策的執行情況。
機關黨委辦公室
負責省局機關和直屬單位的黨建、工會、青年、婦女工作；承擔省局機關精神文明建設和人員思想政治工作、效能建設及崗位責任制考核工作；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；承擔省局機關統戰工作。
離退休幹部處
承擔機關離退休幹部的服務和管理工作；督促、檢查、指導本系統離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調本系統離退休幹部活動。
稽查局
組織貫徹稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報以及大、要案的收集、整理、上報和督查工作，辦理重大稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；指導、協調本系統的稽查工作；制定稅務檢查計劃並組織稅收專項檢查工作；管理和發放稅務檢查證；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；指導、協調稅務稽查工作；受理稅務違法案件的舉報並負責舉報獎勵基金的管理與使用；負責金稅工程發票協查工作。
信息中心
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障工作；參與擬訂稅收管理信息化建設規劃和實施方案，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；建立、管理和維護計算機應用系統、網絡和綜合數據庫；參與組織應用軟件開發；負責組織信息化技術培訓；參與本系統工程類技術職稱資格審查和評定工作；組織本系統信息安全管理與實施。
機關服務中心
承擔機關事務的管理、保障、安全保衛和服務工作，擬訂具體工作制度；參與機關後勤體制改革工作；承擔機關節約能源管理工作。
稅收科學研究所
承擔稅收基礎理論、應用理論和專題研究等工作；開展稅收學術交流，組織、指導、協調本系統的稅收科研工作和有關稅收調研成果的評選獎勵；負責編報稅收研究項目經費需求；編輯稅務內部期刊。
註冊稅務師管理中心
組織貫徹註冊稅務師行業管理政策及管理制度，承擔行業執業資格、資質審核認定及考試、培訓工作；監督、檢查行業執業情況。
福建省稅務幹部學校
承擔稅務系統教育培訓的實施工作。