(1)辦公室(衛生信息中心、法律和行政事務科)
綜合協調局機關事務工作；負責公文和電子政務的運行和管理；負責組織和監督重要會議的落實；負責文秘、機要、檔案、保密、信訪、基建、安全等管理工作；綜合協調醫藥衛生體制機制改革等宏觀管理工作；組織健康宣傳和新聞發布；總結交流推廣衛生行業精神文明建設的經驗和成果；制定全市衛生信息化工作計劃並組織實施；負責處理NPC代表和CPPCC委員的建議；指導本行業工會、* *共青團、婦聯的工作。
負責組織實施國家和省有關衛生監督管理、食品安全、藥品和醫療器械監管的方針、政策、法律法規；負責相關規範性文件的合法性審核和備案；負責組織行政執法監督和聽證；組織實施行政執法責任制，指導本系統的法制工作；承辦行政復議、行政訴訟和國家賠償的相關工作；組織開展法制教育；負責衛生系統“法治昆山”創建的組織、協調和聯絡工作，對市衛生局“法治昆山”成員單位履行職責情況進行調查、總結和評估；負責市衛生局行政許可事項的日常工作；負責組織行政服務事項的專家論證和聽證會；參與起草與衛生許可管理相關的規範性文件；參與有關行政許可事項的行政復議和行政訴訟；負責行政服務中心本部門窗口的運行和管理。
(2)組織人事科
負責制定衛生人才隊伍發展規劃和政策並指導實施；負責局機關及所屬單位的機構、人事和工資工作；負責全市各級衛生專業技術人員的職稱申報、考試和考核工作；負責全市衛生系統的獎懲工作；按照幹部管理權限，負責局機關及下屬單位管理幹部的培養、選拔(聘用)、監督和管理；指導下屬單位基層黨組織建設、黨員管理和相關非公立醫療機構黨建工作；行政機關及所屬單位人員的人事檔案；負責衛生領域的對外交流和對外援助；負責下屬單位出國人員的政審；負責衛生系統老幹部和統戰工作。
(3)醫政科教司(中醫藥管理司)
按照管理權限負責醫療衛生機構的設置、審批、監管和資質準入；負責醫療機構質量評估和執業管理；負責醫療機構醫療技術應用的準入和管理；負責全市醫療、護理、采供血、臨床藥學、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；負責制定實施國家基本藥物制度的相關規劃，制定基本藥物使用和管理程序，協助監督基本藥物制度各項規定的實施；負責協調處理轄區內醫療衛生機構的醫療糾紛，承辦醫療事故技術鑒定委員會委托的相關事務；協助重大突發事件和自然災害的醫療救援；組織協調各類法定體檢；負責全市無償獻血的管理工作；協助有關部門進行傷殘鑒定和司法鑒定；貫徹國家中醫藥方針政策，指導和管理轄區內中醫、中西醫結合醫療機構的中醫藥工作；制定並組織實施全市中醫藥發展規劃；負責醫療服務的監管；擬訂衛生科技和教育發展規劃；負責衛生科技攻關，審核管理科技項目和成果，指導醫學科技成果普及和科普工作；組織實施市級醫學重點學科建設和人才戰略；組織繼續醫學教育和畢業後醫學教育；負責衛生學術團體的業務指導；負責對外衛生合作和學術交流。
(四)食品安全綜合協調和衛生監督與疾病控制司(城鄉衛生指導司)
組織制定本地區食品安全管理計劃並監督實施；依法行使食品安全管理綜合監管職責，組織協調有關部門承擔食品安全監管工作；綜合協調食品安全檢測評價體系建設；收集和匯總食品安全信息，分析和預測安全形勢，評估和防範可能存在的食品安全風險；會同有關部門制定食品安全監管信息發布辦法並定期向社會發布；根據市政府授權，組織協調食品安全專項執法和監管活動；依法組織協調重大食品安全事故的調查處理；制定和實施全市衛生監督計劃，實施綜合衛生監督執法；依法開展衛生監督分級監管；負責全市傳染病防治、職業衛生、公共場所、放射衛生、學校衛生、婦幼保健執法監督；承擔市食品安全委員會的日常工作。
制定重大疾病預防控制規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公共衛生問題幹預措施並組織實施，完善疾病預防控制體系建設，實施疾病預防控制績效考核，預防和控制疾病發生和疫情蔓延；承擔法定傳染病疫情的監測、預警和報告工作；擬定婦幼保健的政策、規劃並組織實施，負責擬定婦幼保健機構建設、技術服務規範和專項技術標準並組織實施；監督和管理婦幼保健；組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾；組織實施基本公共衛生和重大公共衛生服務項目；制定社區衛生服務和基層醫療衛生的發展規劃和相關政策；指導和監督基層醫療衛生機構開展相關業務工作和業務建設；組織開展基層醫療衛生機構相關業務評估和標準評估；統籌全市愛國衛生和健康城市建設工作，協調各成員單位落實愛國衛生和健康促進職責；制定全市愛國衛生工作和健康城市建設的工作計劃、規劃和考核指標；組織開展健康城市、健康社區建設、國家衛生城市和衛生鎮(村)長效管理等各級衛生創建工作；組織農村改水、改廁和清潔農村環境；組織開展群眾性的社會衛生檢查評比活動；組織開展病媒生物預防控制和全民健康宣傳教育；承擔市血防領導小組辦公室、市地方病防治領導小組辦公室、市初級衛生保健工作委員會辦公室、市艾滋病防治工作委員會辦公室的日常工作。
(5)幹部保健科(醫療綠卡服務中心)
貫徹落實市幹部保健委員會的政策、措施和有關決定，制定幹部保健相關制度；負責幹部保健對象健康檔案管理，落實幹部重大健康情況請示報告制度，做好幹部健康信息保密工作；負責幹部保健工作的協調，幹部保健服務隊伍的管理和服務網絡的完善；負責幹部健康對象的定期體檢、健康咨詢、健康教育和健身活動，組織專家對幹部健康狀況進行評估，並做好統計分析；指導醫療衛生單位做好幹部保健工作，負責業務培訓；負責幹部保健經費的管理；負責幹部健康管理信息系統的完善和維護；承擔市醫療綠卡服務中心的日常工作。
(6)應急辦公室
制定衛生應急救援預案、制度、方案和技術指南；指導突發公共衛生事件的預防與準備、監測與預警、救治與救援、分析與評估等衛生應急活動；落實突發急性傳染病組織的預防、控制和應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息；負責重要會議和活動的醫療衛生保障；負責指導和管理突發公共衛生事件衛生應急指揮中心的工作。
(7)計劃財務部
統籌協調全市衛生資源配置；編制醫療保健經費的預算和決算，協調醫療保健經費的落實；負責本系統重大建設項目的跟蹤管理和衛生費用的使用管理；制定衛生財務管理規定並監督實施；研究提出衛生服務價格建議，協調有關部門對全市醫療衛生收費管理進行指導和監督檢查；指導全市衛生基礎設施建設，監督下屬單位國有資產運營；負責局機關的會計核算和財務收支管理。
此外，根據有關規定，將設立紀委和監察審計廳(合署辦公)。