兩者的主要區別在於：應用場景不同、適應時間不同、使用要求不同。
1、應用場景不同：《小企業會計準則》為為了促進小企業發展以及財稅政策日益豐富完善，形成以減費減免、資金支持、公***服務等為主要內容的促進中小企業發展的財稅政策體系；小企業會計制度為為了規範小企業的會計核算，提高會計信息質量，根據《中華人民***和國會計法》、《企業財務會計報告條例》及其他有關法律和法規，制定本制度。
2、適應時間不同：2011年10月18日，財政部發布《小企業會計準則》，要求相關小企業自2013年1月1日起執行，鼓勵提前執行；小企業會計制度根據財政部的財會〔2011〕17號文件，該制度從2013年1月1日廢止。
3、使用要求不同：《小企業會計準則》適用於在中華人民***和國境內依法設立的、符合《中小企業劃型標準規定》所規定的小型企業標準的企業；小企業會計制度適用於在中華人民***和國境內設立的不對外籌集資金、經營規模較小的企業。
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