《管理條例》第四十八條規定：未經批準擅自取水，或者未依照批準的取水許可規定條件取水的，依照《中華人民***和國水法》第六十九條規定處罰；給他人造成妨礙或者損失的，應當排除妨礙、賠償損失。而《水法》第六十九條規定：未經批準擅自取水的，由縣級以上人民政府水行政主管部門或者流域管理機構依據職權，責令停止違法行為，限期采取補救措施，處二萬元以上十萬元以下的罰款。法律規定白紙黑字，寫得很明白，罰則裏確實沒有“補繳水資源費”的處罰內容，“法無授權不能為”，行政機關不能要求當事人補繳水資源費，就是當事人“自願”補繳，行政機關也不能要。但也有壹些地區的水行政管理部門，對於此類案件，除依據《水法》第六十九條的規定，做出停止違法行為、采取補救措施、罰款的決定的同時，依據《水法》第七十條的規定，責令當事人補繳水資源費。
根據“任何人不得從其違法行為中獲利”的原則，具體到此類案件中，《管理條例》第二條第二款規定：取用水資源的單位和個人，除本條例第四條規定的情形外，都應當申請領取取水許可證，並繳納水資源費。第二十八條第壹款規定：取水單位或者個人應當繳納水資源費。結合該兩條的規定，應對繳納水資源費的相關法律規定做如下理解：壹是除特殊情形外，取水者壹律應申領取水許可證；二是申領了取水許可證的取水者應當繳納水資源費；三是未經批準擅自取水的當事人，在被查處後，也應繳納水資源費。