“工程施工”和“工程結算”科目是施工企業所特有的科目，其核算有壹定的特殊性。《企業會計準則——應用指南2006》規定：“工程施工”科目期末借方余額反映企業尚未完工的建造合同成本和合同毛利；“工程結算”科目是用來核算施工企業根據建造合同約定向業主辦理結算的累計金額，期末貸方余額反映企業尚未完工建造合同已辦理結算的累計金額。工程完工後，“工程施工”和“工程結算”兩科目對沖，對沖之後無余額。但這兩個科目的核算尚有值得商榷的地方。
[例]某施工企業簽訂了壹項總金額為500萬元的固定造價合同承建壹工程，合同完工進度按照累計實際發生的合同成本占合同預計總成本的比例確定。工程2005年1月開工，預計2007年12月完工。預計工程總成本為450萬元。其他有關資料如表1：
為簡化，會計分錄以匯總數反映，有關納稅業務會計分錄略。2005年賬務處理如下：
（1）登記實際發生的合同成本：
借：工程施工——合同成本 1350000
貸：原材料、應付職工薪酬、機械作業等 1350000
（2）登記已結算的合同價款：
借：應收賬款 1400000
貸：工程結算 1400000
（3）登記實際收到的合同價款：
借：銀行存款 1400000
貸：應收賬款 1400000
（4）確認、計量當年的收入和費用，並登記入賬：完工進度＝135／（135＋315）＝30％；確認合同收入＝500×30％＝150（萬元）；確認合同費用＝（135＋315）×30％＝135（萬元）；確認毛利＝150－135＝15（萬元）。
借：工程施工——合同毛利 150000
主營業務成本 1350000
貸：主營業務收入 1500000
2006年賬務處理如下：
（1）登記實際發生的合同成本：
借：工程施工——合同成本 1620000
貸：原材料、應付職工薪酬、機械作業等 1620000
（2）登記已結算的合同價款：
借：應收賬款 2500000
貸：工程結算 2500000
（3）登記實際收到的合同價款：
借：銀行存款 1800000
貸：應收賬款 1800000
（4）確認、計量當年的收入和費用，並登記入賬：完工進度＝297／（297＋153）＝66％；確認合同收入＝500×66％－150＝180（萬元）；確認合同費用＝（297＋153）×66％－135＝162（萬元）；確認毛利＝180－162＝18（萬元）。
借：工程施工——合同毛利 180000
主營業務成本 1620000
貸：主營業務收入 1800000
2007年賬務處理如下：
（1）登記實際發生的合同成本：
借：工程施工——合同成本 1630000
貸：原材料、應付職工薪酬、機械作業等 1630000
（2）登記已結算的合同價款：
借：應收賬款 1100000
貸：工程結算 1100000
（3）登記實際收到的合同價款：
借：銀行存款 1800000
貸：應收賬款 1800000
（4）確認、計量當年的收入和費用，並登記入賬：確認合同收入＝500－（150＋180）＝170（萬元）；確認合同費用＝460－（135＋162）＝163（萬元）；確認毛利＝170－163＝7（萬元）。
借：工程施工——合同毛利 70000
主營業務成本 1630000
貸：主營業務收入 1700000
（5）2007年12月工程全部完工，將“32程施工”科目的余額與“工程結算”科目的余額對沖：
借：工程結算 5000000
貸：工程施工——合同成本 4600000
工程施工——合同毛利 400000