醫院財務風險的成因主要有內因和外因。
(1)內部原因。主要包括:醫院缺乏風險意識和相應的財務管理制度；醫院財務人員素質不高；內部控制制度不健全；註重對具體風險的管理，缺乏風險管理的整體策略；健康行業的特殊因素導致高風險；隨著“綠色通道”等政策的實施和醫院人道主義的宗旨，醫院的壞賬率居高不下並呈上升趨勢，其中相當壹部分已經成為無法收回的壞賬。
(2)外部原因。主要包括:政策風險，由國家或地方政府政策變化引起的風險；利率風險，具體表現為醫院在不恰當的時間以不恰當的方式籌集資金，使醫院付出高於社會平均利潤水平的資金成本，遭受經濟損失；技術創新導致的價值風險；信用風險是指由於雙方不能或不願履行合同而導致的風險。