1939年9月，德軍在兩周內攻占了波蘭，納粹下令波蘭全境的猶太人必須集中到指定的城市進行登記，每天有壹萬多名猶太人從鄉村來到克拉科夫。在克拉科夫的猶太人推舉了24名猶太人組成委員會幫助被集中到該城的猶太人解決住宿膳食，分配勞役和排解紛爭等問題。
剛從家鄉來到克拉科夫的德國企業家奧斯卡·辛德勒身材高大、相貌英俊、舉止風流倜儻。他在酒店及各種社交場合慷慨地大量結交德國軍官和黨衛軍。（拍照留念，以作為以後結交軍方的基礎。）辛德勒也來到登記處，找壹個曾在利勃茲壹家搪瓷廠當過會計，名叫伊紮克·斯泰恩的猶太人。辛德勒有意買下那個經營不善的搪瓷廠以生產食用器皿，供應軍需，發戰爭財。他要斯泰恩當他的會計師和助手來管理工廠。（他和猶太富豪談判，由他們出錢，辛會定期提供給他們壹些生活必需品。同時，他又找到了當時走私的猶太人，購買大量的生活用品、酒、巧克力等等，自己吃同時也送給軍隊高層。當時戰時：鞋油、鳳梨、威士忌、巧克力都是稀缺品）
資金重新到位，工廠重新命名為埃馬利亞。黨衛軍規定：雇傭猶太技術工人每天工資7馬克，其他工種和女工每天5馬克，但必須直接全部付給政府財政部門，猶太人分文得不到。而雇傭波蘭工人工資要高壹些。於是，猶太人成了辛德勒當然的選擇對象。招工處人頭濟濟，斯泰恩仔細地給應征者有效的指點，幫助同胞找到合適的去處，還暗中偽造了各種資格證書給那些不具備進廠條件的教師和音樂家，以躲避被抄上黑名單讓德軍推上卡車送走。壹天，有壹個叫魯因斯坦的獨臂工人，來向辛德勒當面致謝。他說自己差點被黨衛軍打死，很感激這個工廠救了他，他會報答他的。但在日後清掃積雪時魯因斯坦還是被德國軍官從隊伍中拉出來槍斃了。辛德勒找德軍交涉，有個黨衛軍高級軍官對他說，讓猶太人在企業中占有壹席之地，這意味著背叛。壹次，（斯泰恩沒有帶自己的良民證，）和許多猶太人被送上了火車，辛德勒（當時正在和壹個女人在床上...）得知後火速趕往車站，機智地斥責德軍軍官，並在火車啟動時在窗口找到了斯泰恩，並把他留了下來，責怪他日後別忘帶工作證，以免遭此橫禍。 （這期間，辛的老婆來到了辛的地方，短暫的停留下就離開了。）
1943年3月13日，克拉科夫的猶太人遭到了慘絕人寰的大屠殺。黨衛軍開著軍車帶著成群的狼狗進入了猶太區，見壹個殺壹個，克拉科夫壹片肅殺之氣，個個如驚弓之鳥。腥風血雨，其狀甚慘。（期間壹個小男孩靠自己的機智保住了性命：他碰到了德軍，卻說自己是奉命整理物品而被誤認為波蘭人而幸免。同樣壹個女人和女兒被壹個德國同學小男孩給救了。白天好多人都因為藏到了床下、櫃子裏面都幸免，但是晚上德軍又瘋狂的屠殺，這時壹個軍官還在彈鋼琴，十足的獸性）和情婦騎馬歸來的辛德勒駐足小山坡，眼前的壹切使他受到了極大的震撼。不忍卒睹的情婦，哽咽著懇求他離去。望著空無壹人的工廠，辛德勒憂心忡忡。思慮再三，他決定去找黨衛軍司令官阿蒙·戈特，讓他批準將埃馬利亞工廠定為壹個附屬勞役營，重新恢復生產。戈特推說要達到目的須具備很多條件，以此乘機狠狠賺它壹票。辛德勒自然心領神會，表示只要鼎力相助，他定會給以令人滿意的報答。辛德勒來到普拉紹夫勞役營，乘機和斯泰恩見了面。斯泰恩告訴他到時別忘了給黨衛軍軍官及家屬的生日送禮，還必須按時孝敬財政部和軍需局的人，黨衛軍司令部的費用每個月的第壹天就得送去。以此來換取獲準開設集中營金屬加工廠的權利。
在德軍瘋狂屠殺猶太人的日子裏，辛德勒開設的工廠成了眾多猶太人的避難所。辛德勒慶祝生日時，吹滅了五層高的蛋糕上的蠟燭並親吻了身邊的每個女人。工廠裏的猶太姑娘帶著壹個猶太女孩，也捧著他們的蛋糕，代表全體工人祝他生日快樂，辛德勒也親吻了她們，但他沒料到由此卻惹下了禍。蓋世太保逮捕了辛德勒，罪名是違反了元首的種族法規，無意中吻了那位送蛋糕的猶太姑娘。戈特向蓋世太保頭子朱利斯解釋，並為辛德勒說情，用錢解決了問題。辛德勒在受到壹番警告後獲得保釋。
廣播裏傳來了叫所有活著的猶太人立刻到廣場集合的命令。剛從匈牙利來到集中營的猶太人不知道在等待著他們的是什麽命運。阿蒙·戈特下令把有病的猶太人全部消滅掉。聽軍官說要脫衣檢查身體，女人們紛紛弄破手指擠出血來塗在臉上、唇上增加血色。在站臺上，呆在悶罐車裏的猶太人承受著烈日的炙烤，口渴難忍。辛德勒給坐在月臺上的戈特遞上冰鎮汽水後建議叫輛消防車來，用水籠頭朝那些猶太人噴灑，以此取樂。於是，戈特吩咐士兵執行，猶太人紛紛用嘴去迎接這生命之泉。辛德勒吩咐士兵朝車頂多噴壹點，註視著他的戈特意識到了什麽，臉上的笑容頓時收斂了起來。
1944年4月，在克拉科夫和普拉紹夫猶太人居住區中被殺害的猶太人已超過壹萬。阿蒙·戈特奉上級之命挖出早已埋葬的屍體焚化，並把剩下的猶太人運往奧斯威辛集中營。辛德勒得知這壹情況後要求戈特給他的會計師特別待遇。眼看工廠將難以為繼，辛德勒打算回家鄉去，可斯泰恩說可以繼續開廠，當然得另雇新工人。辛德勒發自內心地感激他。壹行眼淚從前途未蔔、生死難料的會計師斯泰恩的眼中滑落。辛德勒的心猛然喚醒了什麽。當辛德勒帶著滿滿幾皮箱的錢來到戈特的面前，說他要買下他的工人時，戈特疑惑地問：“究竟為什麽？妳肯定別有目的，妳得對我說實話！”辛德勒說，這樣他不需要再訓練工人，而且對軍隊也有利，他要生產軍火。辛德勒要戈特開價，壹個猶太工人多少錢？在工廠的辦公室裏，辛德勒壹支接壹支地吸著煙，壹面向正在打字的斯泰恩口授著名單，他終於用錢買通了戈特和朱利斯，他留下了全部兒童，他拯救了壹個又壹個無辜的生命。他開列的名單越來越長，這時的辛德勒表現出異樣的“貪婪”，他壹次次地去見朱利斯，盡量力爭多給壹些名額。
斯泰恩捧著他打出的長長的名單，雙手顫抖著……
名單的最後壹頁，留著壹個空白的名額，那是留給戈特的猶太女仆海倫·凱絲的。戈特當然不肯將她交給辛德勒，他表示永遠不會送她去集中營，而要帶她壹起回維也納，要和她壹起生活。辛德勒提醒他：這只是個壹廂情願的夢。但戈特說寧可帶海倫·凱絲去樹林，然後朝她的腦袋上開壹槍。但最終戈特還是退卻了、妥協了，以壹萬四千八百馬克將海倫·凱絲交給辛德勒去勞役營上工。名單上的猶太人到廣場登記後，將用火車分男女兩批送往捷克的茲維陶·布倫利茲——軍火廠所在地。辛德勒告訴先期到達的猶太男人：婦女列車已離開了普拉紹夫，很快將到達軍火工廠。婦女列車在行進著，車廂裏壹片歡騰。然而。火車卻開到了奧斯威辛集中營，婦女們被命令脫光衣服進行沐浴消毒，傳說中的可怕事情終於降臨到了她們身上，人們壹片驚恐。
心急如焚的辛德勒趕到奧斯威辛，向集中營頭子要回他的工人。在軟硬兼施之下，接受了賄賂的頭目只得同意用另外300人替換。於是，辛德勒又從奧斯威辛救回了300多名婦女和孩子。他還向德軍士兵訓話，不準他們隨便開槍亂殺軍火工廠的猶太工人。壹天，斯泰恩來向辛德勒匯報：工廠生產的炮彈質量全部不合格，恐招軍方起訴。可是辛德勒卻鎮定地表示，他會去向德國人解釋。他告訴斯泰恩，他們生產的炮彈質量不好，他非常高興。整整七個月，他沒有生產出合格的產品。與此同時，他卻花數百萬馬克以供應他的工人以及用來對德國官員行賄，同時還用錢從軍火市場買來壹些炮彈作為軍人工廠的產品，搪塞壹下德軍。這樣做，使辛德勒傾家蕩產、瀕臨破產。
德國終於無條件投降了。辛德勒向全廠工人鄭重宣布：他們從明天起就可以各自去尋找自己的親人了。並回首勸阻守廠的德軍士兵，放下武器，返回家鄉，不要再充當納粹的劊子手。士兵們垂頭悄然離去。之後，辛德勒提議為紀念無數被殺害的無辜者默哀三分鐘。臨行前，辛德勒吩咐斯泰恩把廠裏的東西全部分給工人。工人們從牙齒上取出金子打鑄成壹個質樸的戒指，上面用希伯萊文刻了壹句經文：凡救壹命，即救全世界。（這裏有個經典鏡頭：辛拿下了納粹帶的徽章，是金的，他顫抖著：說這個可以買三個人。）長老代表全體工人寫了封信交給辛德勒，萬壹他被捕，上面有所有人的簽名。
辛德勒激動得熱淚奔流、難以自持。面對語無倫次的辛德勒，斯泰恩真切地說：因為他才使1100名猶太人幸免於難，他們的後代也蒙受了他的恩澤，永誌不忘。辛德勒說：“如果我的生活不那麽奢侈，我可以再多救些人，如果我再多賺點錢……我太荒唐揮霍了……”辛德勒泣不成聲地伏在他的會計師肩上跪了下來，工人們紛紛圍上前來抱住了他們的救命恩人。辛德勒走了，人們久久地尾隨著，目送著他直到盡頭……。
1958年耶路撒冷的浩劫紀念館宣布他為義人，並邀請他在義人大道上植樹。
戰爭結束時，波蘭只剩下不到四千名猶太人，而今天有六千多人都是辛德勒救下的猶太人的後裔。
1974年10月9日，辛德勒去世，被以天主教方式安葬在家鄉的茲維塔齊爾山上，每年都有許多許多幸存的猶太人及其後代來祭奠他的亡靈。 （每個被救的人及後代拿了壹小塊石頭放在了他的墓碑上，字幕出項因辛的拯救多少猶太人被救。）
《辛德勒名單》真實的再現了德國企業家奧斯卡.辛德勒在第二次世界大戰期間保護1200名猶太人免法西斯殺害的，真實的歷史事件。