《財務規則》第1條明確提出，為了進壹步規範事業單位的財務行為，加強事業單位財務管理和監督，提高資金使用效益，保障事業單位健康發展制定本規則。據此可以看出，財務規則針對的是事業財務管理，調整的是財務管理行為；《會計制度》第壹部分總說明中第壹條規定，為了規範事業單位的會計核算，保證會計信息質量，根據《中華人民***和國會計法》、《事業單位會計準則》、《事業單位財務規則》制度制定本制度。由此可見，《會計制度》針對的是事業單位會計工作質量，調整的是事業單位會計核算行為。
二、《財務規則》、《會計制度》在財務管理制度體系中的層級不同
《財務規則》是事業單位財務制度中頂層的制度設計，是事業單位財務管理方面的政策性設定，是所有事業單位必須遵循的財務制度。而《會計制度》則是中層的制度設計，是會計方面的具體核算方法的設定，是所有事業單位必須遵循的會計制度。
三、《財務規則》與《《會計制度》在內容上涵蓋的範圍不同
財務和會計是兩個不同的概念，盡管兩者都與資金的運行有很大關系，但範疇是不同的。《財務規則》涵蓋了財務活動的所有方面，包括單位預算管理、收入管理、支出管理、結轉和結余管理、專用基金管理、資產管理、負債管理、事業單位清算、財務報告和財務分析、財務監督等活動。而《會計制度》則僅涵蓋了會計要素包括資產、負債、凈資產、收入、支出或者費用幾個方面。財務活動包含會計核算，會計核算僅僅是財務活動中的壹個重要的方面。
四、《財務規則》與《會計制度》在實際執行過程中各有側重
《財務規則》側重於財務管理，事業單位根據上級下達的財務指標，結合市場和本單位的實際情況，編制預算，按規定來源取得資金，並按規定用途加以使用等，這有利於加強財務管理，提高資金使用效益。《會計制度》側重於新核算體系中的會計科目，通過會計科目的劃分，將復雜的業務活動進行科學的分類，以為事業單位報表使用者提供有用的信息。