如果是行政單位，按照《行政單位會計制度》和《關於政府收支分類改革後行政單位會計核算問題的通知》(財庫〔2006〕26號)。專項用於拆遷戶補償的資金應記入“撥入資金-項目支出”科目，支出時應記入“支出-項目支出”科目或“撥入資金-項目支出”科目。對於日常資金的財政撥款，記入“撥付資金-基本支出”科目，支出記入“支出-基本支出”科目，按照政府收支分類科目設置三、四級明細科目，單位發生的管理費用也應在本科目下。
如果是事業單位，按照《事業單位會計制度》和《關於政府收支分類改革後事業單位會計問題的通知》(財稅[2006]10號)。接收財政撥付的拆遷補償專項資金，應記入“撥付資金”科目，支付時應記入“專項支出”或“撥付資金”科目。對於日常撥款，收到時記“財政補助收入”科目，支付時記“業務支出”科目。