題主，首先必須明確，問題中的會計處理只是描述了壹個環節，並不意味著消費稅計入成本或者應交消費稅，兩者之間不存在取舍關系。
計入成本的是以前業務取得的應稅消費品的會計處理，稅金及附加是銷售取得的應稅消費品的會計處理。
在建工程是特殊的。在建工程被記入借方，但貸方仍要繳稅——消費稅。只是與之相反的應納稅主體——消費稅，只是在建工程，因為符合資本化的要求。
在實際操作中可以增加壹個步驟，即仍借記稅金及附加，貸記應繳納的消費稅，然後扣除稅金及附加，計入在建工程。
因此，對“計入成本的核算與應納稅額有什麽影響或實質性區別？”就是沒有實質性的區別，只是核算的環節不同，對方應該納稅的主體不同。
補充:取得的應稅消費品的對價中包含的消費稅不能在下壹環節扣除，但消費稅屬於價內稅，其價格包含在消費稅本身中，因此計入產品成本。對外銷售產品時，仍借記稅金及附加，貸記應交消費稅。
委托加工補充:如果用於應稅消費品的連續生產(非直接對外銷售)，根據稅法規定，可以抵扣前壹環節支付給受托方的消費稅(既然是代收代繳，實際上是由最終承擔者即委托方支付，相當於提前支付壹次，當然可以抵扣)。此時不計入成本，因為可以在下壹環節扣除。