第二條本制度適用於政府舉辦的獨立核算的城市社區衛生服務中心(站)、鄉鎮衛生院等基層醫療衛生機構。
第三條政府舉辦的基層醫療衛生機構(以下簡稱基層醫療衛生機構)是公益性機構，不以營利為目的。
第四條基層醫療衛生機構財務管理的基本原則是:執行國家有關法律、法規和財務規章制度；堅持厲行節約、勤儉辦事業的原則；正確處理社會效益和經濟效益的關系，正確處理國家、單位和個人的利益關系，維護基層醫療衛生機構的公益性。
第五條基層醫療衛生機構財務管理的主要任務是:編制科學合理的預算，真實反映財務狀況；依法創收，努力控制支出；建立健全財務管理制度，準確進行經濟核算，實施績效考核，提高資金使用效率；加強國有資產管理，合理配置和有效使用國有資產，維護國有資產權益；財務控制和監督經濟活動，定期進行財務分析，防範財務風險。
第六條基層醫療衛生機構實行“統壹領導、集中管理”的財務管理體制，財務活動在基層醫療衛生機構負責人的領導下，由財務部門管理。
基層醫療衛生機構應根據工作需要設置財務會計機構或人員；不具備設立條件的，可以實行會計代理記賬。
有條件的地區可以對基層醫療衛生機構實行財務集中核算，具體辦法由當地根據實際情況確定。