巴音郭楞職業技術學院的專業有電子信息工程技術、計算機網絡技術、大數據與會計、旅遊管理、管理烹飪工藝與營養、電子商務、畜牧獸醫、食品智能加工技術、園藝技術、植物保護與檢疫技術、建築裝飾工程技術、音樂表演、汽車檢測與維修技術、電氣自動化技術、機電設備技術、機械制造及其自動化、工業機器人技術、石油化技術、油田化學應用技術、應用化學技術等專業。
學院緊密圍繞巴州石油石化、礦產、農副產品加工、棉花系列加工等五大支柱產業，設置了電子信息工程學院、機械電氣工程學院、石油化工學院、人文經濟學院、傳媒學院、礦業工程學院、繼續教育學院、體育學院、生物工程系、紡織工程系、交通工程系、旅遊系、基礎課教學部***8院4系1部，開設了石油天然氣開采、通訊技術、數控技術應用、熱能與動力工程、選礦技術、汽車電子技術、冶金技術、電氣自動化、畜牧獸醫、園藝技術、食品加工技術等五十三個中職專業和三十個高職專業。
畜牧獸醫是自治區重點扶持建設的特色專業，思想道德修養與法律基礎是自治區級重點建設課程。