持續了壹年的“三板熱”，使得新三板掛牌的諸多好處漸被人熟知，但凡事有利必有弊，企業上新三板要付出哪些代價。
首先，掛牌費用。預計主辦券商的掛牌費用在80～90萬元之間，律師事務所和會計師事務所費用合計達到30～50萬元。且隨著越來越多的公司籌謀在新三板掛牌，掛牌服務費也隨之越來越高。盡管地方政府對於掛牌新三板雖然有政策補貼(如河北對於上新三板企業補貼150萬元，深圳最高補貼100萬元等等)，但是隨著費用增加，會出現補貼無法覆蓋掛牌成本的情況。
其次，維持費用。公司只要在新三板掛牌，就要按照股轉系統要求進行公司治理，做到人員、資產、財務、機構、業務五獨立，要聘用財務總監、董事會秘書等，管理成本增加了；同時還要考慮每年增加的券商持續督導費用、審計師費用、律師費等。這對於利潤並不高的中小企業而言也是壹筆不小的開支。
第三，稅收支出。不少企業掛牌前存在偷稅漏稅、財務不規範的情況，掛牌新三板就必須要補交近兩年的稅款。掛牌後，企業基於規範化管理要求，在財務數據上進行調控的可能性也會大大減少，稅務支出增加不可避免。