1985-1988林業部(現國家林業局)和世界自然基金會聯合組織了壹次全國大熊貓及其棲息地調查。根據這項調查，大約有1000只大熊貓生活在野外。
1992年，國家林業部(現國家林業局)和世界自然基金會聯合啟動了大熊貓及其棲息地管理計劃。計劃新建14熊貓保護區，提高原13保護區的管理能力，打造15生態廊道，促進不同熊貓種群間的基因交流。到這個計劃結束時，60%的熊貓棲息地將得到保護。
1989-1995 WWF支持了壹系列的熊貓保護工作，包括培訓、巡邏和提供科研設備，支持建立臥龍熊貓繁育中心，支持臥龍自然保護區五壹棚區域的每月監測。
1995 WWF中國能源與氣候變化項目成立。該項目旨在減少中國的溫室氣體排放。
1996 WWF中國環境教育項目成立。該項目旨在宣傳可持續發展的理念，使人口對資源的需求不會對環境造成破壞；世界自然基金會中國森林項目成立。該項目旨在保護、恢復和可持續管理森林，以提供森林產品和生態服務；世界自然基金會中國項目辦公室成立；交通開始在中國開展與野生動物貿易相關的研究和保護。
1997年，WWF與中國政府開始了平武綜合保護開發項目，強調在保護項目中考慮當地社區發展，從而實現如何緩解熊貓與人的沖突；“中國中小學綠色教育行動”在中國啟動。該項目旨在將可持續發展教育納入中國中小學課程。從65438年到0996-2000年，世界自然基金會在平武培訓了300多名自然保護區員工和當地政府官員，內容包括自然保護區管理、監測、反偷獵以及社區如何參與保護。
1998年，在世界自然基金會的支持下，四川省林業廳開始對岷山地區11自然保護區進行生物多樣性監測。
第三次全國熊貓調查開始於1999，WWF提供技術和資金支持；香格裏拉可持續社區項目開始實施。該項目旨在通過白馬雪山和香格裏拉可持續社區的建設，恢復和弘揚藏區優秀的民族文化傳統，促進青藏高原乃至全國的生態保護和可持續發展。
2000年，在世界自然基金會的支持下，中國采用了新的房間空調器能效標準。該標準的實施將有助於節約大量電力資源，防止低於最低能效標準的空調在市場上銷售。
2001，2001濕地使者行動啟動，以“把知識帶回家鄉”為主題，10高校環保組織赴長江項目示範點培訓後宣傳長江中下遊濕地可持續利用經驗；世界自然基金會開始在大熊貓分布的最北部地區秦嶺山脈實施保護和發展項目；森林認證工作組成立並在北京召開第壹次會議，制定中國森林認證政策；交通中國項目成立；600多只天鵝返回袁慶山過冬；潘茜陜州替代產業初見成效，戶均增收500元以上。
2002年，14濕地被列為國際重要濕地，並被世界自然基金會確認為世界上給地球的第71份禮物，這也是中國大陸的第壹份“禮物”。世界自然基金會與陜西省林業廳簽署協議，建設13個自然保護區和5條生態廊道。該項目旨在重新連接秦嶺地區破碎的熊貓種群；在世界自然基金會的支持下，四川熊貓保護交流中心成立，成為四川省熊貓保護區的有效交流平臺。中國國有林首次獲得FSC認證，占42萬公頃；世界自然基金會和匯豐銀行的“投資自然”項目，包括長江項目，正式啟動。新啟動的長江項目主要在湖北開展工作，目標是恢復沿海湖泊與長江的連接。
2003年，中國環境與發展國際合作委員會流域綜合管理課題組在北京正式啟動並召開了第壹次工作會議，計劃在未來兩年內就如何加強中國流域綜合管理向中央政府提出建議。在世界自然基金會秦嶺項目的推動下，陜西省政府批準建設5個熊貓自然保護區和5條生態廊道，使秦嶺熊貓保護面積超過1.5萬公頃。這被世界自然基金會總部認定為“獻給地球的禮物”；
岷山17熊貓保護區定期開展生物多樣性監測；中國頒布了中小學環境教育實施指南。該指南是中國教育部與世界自然基金會密切合作完成的。它的頒布將把可持續環境教育納入中國50萬所中小學的基礎教育課程；交通成立中醫咨詢專家組。專家組的成立旨在為中藥材的保護和可持續利用提供壹個信息交流平臺。
2004年，世界自然基金會組織了首次長江中下遊水禽普查。國務院第三次全國大熊貓及其棲息地調查結果顯示，目前共有野生大熊貓1596只。香格裏拉可持續社區項目開始實施。該項目旨在通過白馬雪山和香格裏拉可持續社區的建設，恢復和弘揚藏區優秀的民族文化傳統，促進青藏高原乃至全國的生態保護和可持續發展。
2005年，作為世界自然基金會全球森林與貿易網絡的壹部分，中國森林與貿易網絡在此次會議上正式宣布成立。該網絡旨在促進負責任的森林管理單位和購買森林產品的公司之間的市場聯系；國際重要濕地新增9處，使中國國際重要濕地總數達到30處；世界自然基金會推動的長江論壇在武漢啟動。來自水利部、國家環保總局、國家林業局、交通部、農業部、長江漁業資源管理委員會以及長江幹流11省(自治區、直轄市)政府的高層代表首次齊聚壹堂，共商長江流域的保護與發展。