清朝的最高行政機構是內閣。順治十五年(1658)，農歷七月，原三院改為內閣，為二等衙門，大學士任內閣長官，各有尚書銜，殿閣銜。清朝順治、康熙時期，內閣是中樞機構，褒揚項皇帝，掌管大政方針，是全國中樞聚集之地。
但自雍正中期設立軍部後，重大政策交由軍務大臣負責，內閣逐漸不再參與機要事務，權力也逐漸變輕，成為主要處理這壹章的行政事務機構。
2.軍事部門
軍部是指皇帝離京外出的軍務尚書府。清代軍部是中央樞紐機構，起草聖旨、辦理奏折、參與維護，皇帝每天不定期召見軍務大臣。
皇帝在京之日，無論住在宮中還是西苑、圓明園，軍務尚書都必須進入軍部堂(西苑軍部堂在西苑門，圓明園軍部堂在左如壹門)，非以散值為目的，不得離開。
3.六個部門
清代中央行政機關六個部門的總稱:官、戶、禮、兵、刑、工。
入關前的天聰五年(1631)，清朝模仿照明系統，設置了官、戶、禮、兵、刑、工六個部門。貝勒為各部宰相，程錚等官員分別管理國家各項行政事務。清朝入關統壹全國後，六部作為中央行政機構進壹步加強和完善，直接向皇帝負責。
4.都察院
在清朝，中國的最高監察機關被稱為都察院。
都察院負責糾正衙門和各級官員的腐敗行為，講解政治民生的利弊得失，參與九卿討論，與刑部、大理寺共同審查秦交大案和朝廷審判、秋審，檢查文書的撤銷和關閉，巡視京城地方治安。
5.翰林書院
翰林院主管國史寫作，為左右顧問做準備。順治元年(1644)，為三品衙門；順治二年(1645)並入內三院，由二等衙門晉升；順治十五年(1658)復立，順治十八年合並。康熙九年(1670)，內三院改為內閣，設置翰林院為獨立機構，定制。
有國子監學士和國文學士，有聽課學士，聽課學士，聽課學士，教課學士，編修學士，編審學士。
國子監有官有官，有書堂，有書，有洞，有候室，有筆有糊式等。靈樞暢館，居居竹館，國史館。
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