按照“企業會計準則——應用指南2006”的具體規定，“公允價值變動損益”科目的主要賬務處理具體體現在以下兩大方面：
1、資產負債表日，交易性金融資產等資產類項目的公允價值高於其帳面價值時，借記“交易性金融資產等——公允價值變動”，貸記“公允價值變動損益——交易性金融資產等”；公允價值低於其帳面價值時則做相反的會計處理。
資產負債表日，交易性金融負債等負債類項目的公允價值高於其帳面余額時，借記“公允價值變動損益——交易性金融負債等”，貸記“交易性金融負債等——公允價值變動”；公允價值低於其帳面價值時則做相反的會計處理。期末將“公允價值變動損益”科目的余額轉入“本年利潤”科目，結轉後“公允價值變動損益”科目應當沒有余額。
2、出售、處置時的賬務處理。
出售交易性金融資產等時，借記“銀行存款”（實際收到的金額），貸記“交易性金融資產”（帳面余額），借或貸記“投資收益”（差額）；同時將原計入該金融資產的累計公允價值變動轉出，當公允價值高於其帳面價值時，借記“公允價值變動損益——交易性金融資產”等，貸記“投資收益”；當公允價值低於其帳面價值時，借記“投資收益”，貸記“公允價值變動損益——交易性金融資產”等。
處置交易性金融負債等時，借記“交易性金融負債”（帳面余額），貸記“銀行存款”（實際支付的金額），借或貸記“投資收益”（差額）；同時將原計人該金融負債的累計公允價值變動轉出，當公允價值高於其帳面價值時，借記“投資收益”，貸記“公允價值變動損益——交易性金融負債等”；當公允價值低於其帳面價值時，借記“公允價值變動損益——交易性金融負債等”，貸記“投資收益”。
出售、轉讓采用公允價值模式計量的投資性房地產時，借記“銀行存款”（實際收到的金額），貸記“其它業務收入”；借記“其它業務成本”（帳面余額），貸記“投資性房地產——成本”，貸或借記“投資性房地產——公允價值變動”；同時，將投資性房地產累計公允價值變動轉入其他業務收入，借或貸記“公允價值變動”，貸或借記“其它業務收入”。