內設科室：辦公室、政治部、征收管理科、稅收政策管理科、基金科、納稅服務科、信息科、機關黨辦、監察室、機關後勤服務中心
下屬機構：安康市地方稅務局高新技術產業開發區分局、漢濱區地方稅務局、寧陜縣地方稅務局、紫陽縣地方稅務局、白河縣地方稅務局、石泉縣地方稅務局、平利縣地方稅務局、旬陽縣地方稅務局、漢陰縣地方稅務局、嵐臯縣地方稅務局
辦公室：負責起草和審核市局重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密等工作；負責稅收宣傳、政務公開、政府信息公開、信息報道和新聞發布工作；負責機關財務管理、政府采購、資產管理、公務接待等其他行政事務；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案的有關事項。
政治部：負責機關和系統的幹部人事、機構編制、教育培訓、工資管理、專業技術職務和公務員管理工作；負責下壹級領導班子及領導幹部的管理、考核及監督等工作；負責本系統思想政治工作、基層建設和精神文明建設；組織實施機關和本系統目標責任考核和獎懲工作；負責離退休人員的管理。
征收管理科：負責貫徹落實稅收征管法及其實施細則，組織實施納稅評估和信用體系建設，負責地方稅務登記、稅收發票、賬簿、憑證、納稅申報和稅收資料管理；牽頭重大稅收案件審理，辦理稅務行政處罰聽證、行政訴訟和行政復議；承辦稅收管理信息化建設中業務需求整合和流程優化的綜合協調管理工作。
稅收政策管理科：組織實施營業稅、企業所得稅、個人所得稅、城市維護建設稅、資源稅、車船稅、房產稅、城鎮土地使用稅、印花稅、土地增值稅、煙葉稅和教育費附加等稅種的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；組織實施所得稅匯算清繳、納稅評估、分類管理工作；指導有關稅種的日常管理和檢查；依法辦理減免稅有關事項；負責涉外稅收工作；參與有關納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
基金科：負責社會保險費及各類基金的征收管理工作；負責保險費及基金的計劃編制和任務下達，對計劃執行情況進行監督檢查；負責系統社保費和各項基金收入預測、統計和分析，編制社保費和基金收入報表。
計劃會計科：負責本系統稅收計劃的編制和任務分配；負責本系統地方稅收數據管理、統計分析評價；落實地方稅務系統財務制度，監督檢查各項財經法律法規和制度執行情況；負責本系統經費、財務、基本建設、國有資產和政府采購工作；負責稅收會計和稅收票證管理工作；審核匯編本系統的財務預算、決算，辦理各項經費劃撥；組織內部審計工作。
納稅服務科：落實地方稅務系統納稅服務規章制度和工作規範，組織、協調和指導本系統納稅服務工作；負責稅法宣傳、受理納稅咨詢、處理納稅服務的投訴和舉報，負責納稅服務平臺的建設和管理；組織開展除稅務行政復議、應訴以外的法律援助和救濟服務；負責網站的建設及管理。
信息科：負責組織落實稅收信息化建設規劃；負責建設、管理和維護信息化基礎設施，負責稅收業務信息化應用系統的運行維護工作，負責網絡建設和安全工作，負責信息化培訓工作。
機關黨辦：負責機關和所屬單位黨群工作。
監察室：組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
機關後勤服務中心：負責機關辦公、住宅等場所管理工作；負責機關食堂管理和接待工作；負責機關後勤管理和房產維護工作；承辦領導交辦的其它工作。