總公司向分公司收取的管理費由公司懂事委員會會議或公司章程確定。總公司收不收管理費只是妳公司內部利潤分配的計算方法，因為所得稅要匯總計算，不會影響整個公司的所得稅。
具體條目:視具體業務而定。建議總行對內部核銷或應收應付等其他往來款項收取管理費。總公司最好不要確定收入，否則又要交流轉稅。
擴展數據:
獨立核算的特點是:管理上有獨立的組織形式，有壹定的資金，在當地銀行開戶；獨立開展業務活動，能夠與其他單位簽訂經濟合同；獨立核算盈虧，設置獨立的會計機構，配備會計人員，有完整的會計工作組織體系，便於分公司獨立運作。
分支機構納稅流程:分支機構的流轉稅必須由當地稅務機關計算繳納，這是流轉稅的基本原則。也就是申報繳納地稅。目前基本上所有城市的國稅和地稅報稅都是在線的。尚未開展網上申報的公司，可持稅務登記證(正、副本)營業執照、銀行基本賬戶開戶許可證、銀行基本賬戶開戶資料等證件向當地稅務機關申請網上納稅申報。
各分公司所有稅收的申報必須由總公司匯總，由總公司申報。非獨立核算的分公司只是總公司的壹個分支機構，相當於壹個部門。壹般情況下，分公司如果是獨立核算的集團，既有營業收入，又有費用支出。雖然很小，但是很有條理。
在這種情況下，從財務考核的角度，我相信很多企業領導都會做出總公司財務獨立，子公司獨立核算的決定。獨立核算的分支機構需要向當地稅務機關申報納稅。分支機構成立之初，可憑工商部門即時核準的分支機構營業執照和總行營業執照到當地銀行為基層分支機構開戶。
如果總機構不在地級市，此時的企業所得稅申報應按照跨地區企業所得稅申報的原則進行。按照總機構所在地國稅部門核定的分配比例，由總機構分支機構分別向當地所得稅申報部門申報繳納。？
關於企業所得稅的申報，如果總公司在同壹個地級市內，那麽無論總公司是否獨立核算，都可以由總公司匯總申報。
參考資料:
百度百科-獨立核算