1、使用對象不同，公章是機關、團體、企事業單位使用的印章，財務專用章是財務部門所使用的；
2、作用不同，財務專用章主要是經內過了財務部門的認可用於與公司財務結算方面的票據，公章是具有代表公司權益的法律效力；
3、使用範圍不同，財務專用章主要用於辦理公容司會計核算和銀行結算業務，公章是是公司最高權力的象征。
壹、財務專用章和公章的效力如下：
公司賬務章主要用於財務結算，開具收據、發票給對方、銀行印簽必須留財務專用章等等，能夠代表公司承擔所有財務相關的義務，享受所有財務相關的權利，蓋了公章的文件具有法律效力。若公司沒有合同專用章應使用公章。
二、財務專用章和公章的稅號區別如下：
財務章上是公司稅號，公章上的是備案號，由於部對辦理刻制印章的手續未作統壹規定，所以各地機關對刻制印章手續的規定有所不同。根據刻制印章的種類不同，手續也不壹樣。
總之，財務專用章和公章的區別包括使用對象不同、作用不同、使用範圍不同，並采取與會計主管印章雙人分管、保險櫃另行存放等項措施，以確保印鑒安全。
法律依據
《印章治安管理辦法》
第七條 國家權力、黨政、司法、參政議事、軍隊、武警、民主黨派、***青團、工會、婦聯等機關、團體的各級組織、機構需要刻制印章的，由制發機關的印章管理部門開具公函到所在地縣級以上人民政府公安機關辦理備案手續。縣級以上人民政府公安機關應即辦理並出具準刻證明。