專門型碩士和學術型碩士的培養目標不同。專業碩士以專業實踐為導向，重視實踐和應用培養，主要培養在本專業和專業技術上接受過正規高水平培訓的高層次人才。學術型碩士更註重理論和研究，以學術研究為導向，培養大學教師和科研機構的研究人員。申請條件不壹樣，有的專業碩士對工作經驗有壹定要求，比如本科學歷，三年以上工作經驗，或者國家承認的高職文憑，五年以上工作經驗。但是學術型碩士的報考條件壹般只要求學歷，對工作經驗基本沒有要求。
調劑要求不壹樣，專業碩士的考試科目和難度決定了幾乎不可能調劑到學術型碩士，而學術型碩士很多情況下可以調劑到專業型碩士，入學難度也不壹樣。對於大部分專業來說，專業碩士考試難度略低於學術碩士，比如專業碩士公共* * *課程，英語科目壹般考英語二，而學術碩士公共* *課程考英語壹，大部分專業碩士不考公共* * *。學費各不相同，全日制專業碩士收費標準參照現行普通專業自費研究生收費標準確定。學術型碩士收費標準，從2014秋季學期開始，原則上碩士研究生每年不超過8000元，博士研究生每年不超過10000元。