1999年1月，按照黨中央國務院關於中央黨政機關與所辦經濟實體和管理的直屬企業脫鉤的精神，中房集團公司與原上級主管部門建設部脫鉤，成為中央管理的以房地產業為主的國有骨幹企業。 中房集團公司歸中央管理後， 原屬建設部的中國城鄉建設發展總公司、中國廣順房地產業開發公司、華通置業有限公司、中國住房投資建設公司按中央要求並入中房集團公司。近年來又陸續接收了中國凱利實業有限公司、中國天誠（集團）總公司、長城房地產總公司、北京遠望工程建設公司、中新經濟發展總公司、上海華暉實業公司、福建安華發展總公司、中國智寶國際經濟科技發展公司、中天實業投資公司、中國市政工程西南設計研究院、中國市政工程西南設計研究院、建設部沈陽煤氣熱力研究設計院原部屬和軍隊、武警等多家企業。 2001年又接收了軍隊移交的保障性企業12家。2004年經國資委批準接收原中汽總公司所屬的北方安華集團公司、中汽財務公司。
最近根據國務院國資委關於中央企業房地產重組的指示精神，經雙方友好協商和國資委批準，華能房地產開發公司、中國航材集團所屬房地產項目正式劃轉我公司。公司已經成為房地產開發投資與土地壹級開發、物業與酒店經營管理、基礎設施建設為三大主營業務領域的重要骨幹企業。通過機構改革和業務重組，目前集團公司總部設有 8個職能部門，分別為：辦公廳、企業發展部、財務部、人力資源部、黨群工作部、審計部、投資管理部、法律部。公司直屬企業17家，直接控股的項目公司4家。
中房集團公司抓住發展機遇，突出抓好重點城市的房地產開發。近幾年來公司生產經營和資產經營有了新的發展，實現了比較好的經濟效益。已有項目開發全部獲得了成功，特別是在京開發的長遠天地、樂城、頤源居、西山美廬等項目在市場上具有較高的知名度。新壹輪項目也正在壹個個啟動。
進入新的歷史階段， 中房集團公司認真貫徹中央精神，按照國資委的要求，以中央企業董事會試點為契機，加快改革和發展， 抓住房地產業發展的歷史機遇，突出主業，開拓進取，努力建設成為壹個具有綜合實力和核心競爭力的大型中央企業。