（壹）有利於提高資金使用效率
通過核算中心定期出具各種報表，單位的各項資金運行情況壹目了然，這樣決策機構在分配有限的財政資金時，就更具有合理性和準確性。對各單位的支出還可以制定壹個統壹的標準進行控制。另外，還可以實現管理層對下屬單位的全程控制。實行集中核算後，可直接指揮核算中心，事先布控，防範於未然。
（二）有利於發揮內外監督作用
監督分為內部監督和外部監督，在內部監督方面，由會計機構的人員去執行，在日常的審核程序中，對於違反規定的支出，及時制止，起到從源頭預防腐敗的作用。在外部監督方面，如：主管機關、監察機關、稅務部門要上門開展檢查監督工作，進入核算中心就能及時、準確地獲得多個單位的會計資料，大大提高了工作效率。
（三）有利於督促政府采購工作
在政府采購工作方面，嚴格按政府采購管理規定報賬，嚴格控制零星采購，對達到政府采購條件，而不進行政府采購行為堅決制止，拒絕其報銷，對零星采購達到壹年限量標準的要及時提醒。
（四）有利於加強預算約束作用
嚴格按預算來控制支出，對於超預算的支出，要打報告說明情況，否則壹律不予支出。嚴格控制預算的剛性指標，細化預算的相關科目體系，並有效地進行完善。統壹管理預算內外的資金，經審核通過的預算由財務部門嚴格執行，從編制到最後的整個執行過程進行全方位監督。
（五）有利於建章立制
進行集中核算後，可以匯集整理之前各單位正在執行的規章制度，對有些不適應實際工作的制度提請整理修改，采用具有***性的財務開支標準，廣泛征求意見後，統壹匯編成冊。這樣在做審核工作時就有章可循。同時也杜絕了有些單位亂發補貼的現象，
（六）有利於保證會計信息的真實性
集中核算後，核算中心相對獨立，單位領導對會計沒有了影響力，會計才能放手按章辦事，這樣就確保了數據的真實性。
二、實行會計集中核算的劣勢
（壹）缺乏法律基礎
財政部在2000年頒布《關於試行會計委派制度工作的意見》，大力推廣會計集中核算制度，這與我國《會計法》的壹些條款規定有所沖突。
第壹，集中核算後，各單位的會計出納人員都由上級機關職能部門指定，由核算中心行使單位的會計職能，單位法人將不再為會計工作負完全責任。
第二，核算中心因為其權限的有限性，只能對憑證的合法性、合規性進行判斷，至於業務是否真實，則無法辨別，且支出的最終決定權力由單位法人掌握，所以核算中心也無法承擔全部責任。這樣壹旦出現問題或者重大的失誤，很難明確界定誰的責任，給問責工作增加了難度。基於這種情況，有些單位法人就會故意在簽名時寫上“擬同意”，想以這種行為達到逃避責任的目的。
（二）人員素質參差不齊
壹方面，核算中心內部應如何設置機構如何安排人員。在當前機構普遍收縮，機關裁減人員的背景下，要重新申請成立正式機構，那是非常困難的事，而成立臨時機構，又很難招到優秀的人才，只能臨時聘用人員。招到人員後，機構內崗位設置問題又來了，壹個會計負責2-3家單位，要讓他們在審核時做到相同的松緊尺度，這又得花大量的時間制定內控標準，讓他們按章辦事。另外，每個會計的工作量也很難進行均勻的分配，總之在整個機構的設置上沒有多少現成的經驗可供借鑒。
另壹方面，核算中心人員如何與核算單位進行溝通協調。核算中心的工作人員是各直屬單位的會計出納，卻不是他們的工作人員，與他們沒有直接的人事、經濟利益關系，如何讓核算中心的工作人員在做好核算監督的同時，更要做好服務工作，也的確是個難題，而且，聘用臨時人員從事關鍵重要崗位工作，這與人事上的壹些規定又不相符合。
（三）對各直屬單位部分工作產生負面影響
事業單位存在領導疏於財務管理，單位內部沒有內控制度，放任手下人任意支出等問題。業務部門缺乏會計人員，進行政府采購，填寫各種報表，涉及財務專業知識時，就得求助於人。單位領導要了解本單位的收支情況，有時卻難以及時拿到財務數據，因為賬務、會計人員不在本單位，而核算中心人員要壹人對多家，有時也難以做到及時。集中核算不利於原單位的會計隊伍建設，集中核算後，各單位不再設財務部門，沒有了會計專業崗位，只有報賬會計，部分單位領導認為財務工作已歸入核算中心，與他們關系並不大，對財務工作不重視、不關心，隨意更換報賬會計，有些報賬會計不具備財務知識，又從未從事過會計工作。
（四）經濟業務的真實性難以判斷
因為核算中心的人員對各單位的業務並不是非常了解，只要各單位提供的票據合法，程序規範，都要給予報銷。壹旦有些單位想通過合法的的票據，虛擬不真實的業務套現後，設立小金庫賬外賬，核算中心就是有懷疑，也沒有進行審查的權限。
（五）財務管理風險增大
實行集中核算將眾多的單位資金都集中到核算中心運轉，壹年幾個億的資金運轉量，壹旦在哪個員工、哪個環節出現問題，都將是難以承受的損失，且核算中心和各單位又存在權責不明的情況，到時可能將難以追責。
（六）核算與實物資產的管理脫節
核算中心只管理憑證賬務，對於實物資產是否正常使用、是否已報廢、是否丟失，都並不知情，這就導致賬實可能不符，甚至是國有資產的流失。