民國成立，改度支部為財政部，省設財政司（後改為財政廳）。昭文、常熟兩縣合並為常熟縣，設財政科總管全縣財政。民國2年（1913年），縣設知事公署，掌管全縣財務行政和本公署會計庶務。民國17年10月1日起各縣成立財政局，內設總務、經征、會計三科，綜理全縣財政事務。民國22年4月，縣財政局機構全部裁撤，並入縣政府設科辦理。民國29年11月設立縣財政局，民國30年 “清鄉”開始後即裁並設科。抗戰勝利後，在縣政府內設財政科辦理縣級財政有關事項。
1949年4月，常熟解放。5月，縣設置財政科。1952年8月，常熟縣財政科與農稅科合並為財糧科。1956年財糧科又改稱為財政科。1959年6月，縣財政科與縣稅務局合並，建立縣財政局，內設公社財務管理、企業財務管理、預算及稅政等職能機構。各公社均配備財政員壹人，負責公社的財政收支和稅務財務檢查及企業管理等工作。8月，按照縣劃分的五個行政片相應設置了5個財政管理所，管理各片所轄範圍的財政稅務工作。1961年，常熟縣財政、稅務分開設局。
1969年1月，縣革命委員會生產指揮組設財貿領導小組，指定人員負責掌握財政、稅務工作。3月，撤銷財政局和稅務局。1970年11月，常熟縣革命委員會設置財稅局。1981年7月，財稅局改稱為財政局，同年10月至1982年8月，全縣33個公社陸續設置財政管理所。1983年3月，常熟撤縣建市，縣財政局改稱市財政局。1984年1月，稅務職能從財政局劃出，單獨成立常熟市稅務局。1985年底常熟市財政局***有財政工作人員72人。截止2008年12月底，局機關及下屬事業單位***有在職在編人員98人。1984年財稅分開後，常熟市財政局內設人事秘書、預算管理、企業財務管理、農業財務管理四個職能股。1990年5月，市財政局內設職能科室增至9個，同時將“股”統壹改名為“科”，分別是：人事秘書科、農業財務科、農業稅征收管理科、綜合計劃科、財政監察科、預算管理科、行政事業財務科、工交企業財務科、商貿企業財務科。8月增設國有資產管理科、會計事務管理科。1993年6月撤銷人事秘書科，建立辦公室和人事教育科。
2001年12月，財政局內設科室為:辦公室、預算科、國庫科、政府采購科（掛常熟市控制社會集團購買力辦公室牌子）、綜合科、稅政法制科、經濟建設科、企業科、外經金融科、科教文科（行政政法科）、社會保障科、農財農稅科、統計評價科、會計科、監督檢查科、人事教育科、公有資產管理科。2005年3月，公有資產管理科更名為國有資產監督管理科；8月，該科與統計評價科合並為資產管理和績效評價科。
此外，市人民政府先後設立由財政局代管的國有資產管理局、市發展投資有限公司、控制社會集團購買力辦公室、稅收、財務、物價大檢查辦公室、國有資產監督管理委員會辦公室、協稅護稅辦公室、市財政投資評審中心。其中：國有資產管理局，稅收、財務、物價大檢查辦公室，分別於2001年9月21日，1999年9月8日予以撤銷。控制社會集團購買力辦公室於2001年12月31日明確改在市財政局內設政府采購科掛牌，不再保留原事業編制。