1.集資過程中會議會計工作量太大。根據新制度規定，村集體經濟組織在成員會議或成員代表大會通過籌資方案時，應借記“內部往來”科目，貸記“壹事壹議基金”科目；收到農民專項集資時，借記“現金”等科目，貸記“內部往來”科目。這樣在資金籌集過程中需要兩次登記“內部交易”及其明細賬，增加了會議核算的工作量。
2.“壹事壹議基金”的核算不夠全面。按照新制度的規定，村集體經濟組織的集資和以資代勞的自願集資由“壹事壹議”科目核算，但“壹事壹議”的相同事項直接由“公益金”科目核算，導致“壹事壹議”的籌資籌勞制度不能全面反映在“壹事壹議”科目中。
3、使用過程不形成資產* * *積累的虛增。根據新制度規定，對於使用“壹事壹議基金”但未形成固定資產等長期資金的項目，項目完成後，按照“壹事壹議基金”的金額，借記“壹事壹議基金”科目，貸記“儲備公益金”科目，虛增村集體經濟組織“儲備公益金”。
4.使用過程不影響當年損益。根據新制度的規定，對於使用“壹事壹議基金”但未形成固定資產和其他長期資產的項目，在項目完工後，按照“壹事壹議基金”的金額，借記管理費用、其他費用等科目，貸記“在建工程”科目，導致資金使用損益科目而非“壹事壹議基金”的金額，影響了當年的正常損益。
5.“壹事壹議基金”的原則不夠明確。按照新制度的規定，“壹事壹議基金”的資金籌集和使用的對應關系是壹個復雜的會計分錄，不像“營業收入”和“營業支出”那樣清晰，讓人很難直接看到資金用在了哪裏。