(1)辦公室職責
組織協調局機關日常事務，負責調研、督查、文秘、信息、信訪、保密和業務檔案管理等工作；
負責局機關及下屬單位的外事管理工作。
(二)政策法規部的職責
負責組織或參與長江幹線相關航運法律法規的起草工作；
負責長江幹線有關航運法律法規的宣傳、貫徹和監督實施；
負責下屬單位的法制工作和行政執法監督；負責下屬單位的質量管理。
(3)規劃基建司(交通部長江航運規劃辦公室)的職責
負責組織或參與制定長江水系航運發展戰略和規劃；
負責編制、上報和下達長航局中長期發展規劃及相關計劃，管理所屬單位固定資產投資計劃和基本建設並組織實施；
負責長江幹線航道建設市場和航道工程質量的監督管理；
負責下屬單位基礎設施的初審、項目管理和竣工驗收；
負責長江幹線港口、航運設施建設和岸線使用的行業管理；
負責下屬單位的設備管理；
負責長航局和長江水運行業的統計工作；
負責長江幹線交通戰備。
(四)財務部的職責
負責局機關及下屬單位的財務會計管理；
負責局機關及所屬單位的國有資產管理；
負責局機關及所屬單位財務預決算的編報和審批，審核所屬單位年度支出計劃，檢查監督預算執行情況；
負責長江幹線水路運輸費的征收管理。
(5)人事部門(組織部門和衛生監督部門)的職責
按管理權限負責局機關及所屬單位的人事、勞動工資、機構編制、體制改革、教育培訓、勞動保護和保險、人事審查和技術幹部管理等工作；
按規定權限領導幹部和下屬單位領導幹部；
負責長江幹線航運的衛生監督管理。
(6)、運輸管理職責
負責長江航運行政管理、客貨運輸質量、航運市場宏觀調控和市場秩序監督管理；
組織國家重點物資運輸和長江幹線沿線應急運輸；
負責長江幹線引航的管理；
協調長江系統省市交通廳(局)、港航管理機構的相關工作。
(7)、安全管理辦公室(總值班室、應急指揮中心)職責
負責長江幹線海事監督、治安和消防及水上安全的綜合管理；
負責局機關的行政和業務值班，以及局安委會的日常工作；
負責協調和指導長江海事和長航公安部門的相關業務工作；
負責事故處理管理，組織或參與重、特大事故的調查處理；
負責突發事件的應急指揮、協調和處置；
負責長江幹線水建設項目環境評價預審。
(八)、航道和通航管理職責
負責長江幹線航道的維護管理、航標管理、航道測量管理和航道行政管理；
負責協調和指導長江航道部門的相關業務工作；
負責長江幹線航道養護生產計劃的審批和監督實施；
負責長江幹線及其附近建築物通航技術要求的審查(審批)；
負責三峽、葛洲壩等大型通航建築物的通航管理。
(9)、科技與通信信息管理職責
負責長江幹線水上安全通信與信息網絡的運行管理；
負責協調和指導長江交通廳的相關業務工作；
負責制定長江幹線航運科技發展規劃，組織科技項目的科學研究和實施；
負責局機關及所屬單位的信息化工作和行業標準、規範的制定和實施。
(10)黨委辦公室(工會辦公室)的職責
負責局機關及下屬單位的黨務管理工作；
負責局機關和駐漢單位的黨群工作；
負責下屬單位的精神文明建設，指導行風建設和宣傳。
(十壹)、紀檢監察室(審計室)的職責
負責局機關及所屬單位黨風黨紀監督和行政監察；
在職權範圍內查處違紀案件；
負責下屬單位的反腐倡廉監督工作；
負責對下屬單位的資產管理、財務收支、專項資金和交通費用的收繳和使用進行審計；
負責領導幹部任期經濟責任審計，管理下屬單位內部審計。