企業從進口料件加工裝配業務中收到的原材料和零部件，應單獨設置“委托加工料件”參考賬戶和相關材料明細賬，核算收發余額。至於加工裝配費用的核算，制度上沒有明確規定。企業可以自行增加相關科目進行核算。例如，可以設置“來料加工設備費用”科目，核算來料加工裝配過程中發生的相關費用。
(壹)收入的核算
首先，根據財政部1998頒布的收入確認原則，來料加工企業應在報關出口後確認收入。因為此時商品所有權的主要風險和報酬已轉移給外方，加工企業不再擁有繼續經營與所有權有關的商品的權利，也不再控制出口商品。同時，與交易相關的加工費收入已經轉移給企業，相關的收入和成本已經可靠地計量。
其次，對內對外加工業務收入要分別核算。目前，為適應市場經濟的發展，企業往往采用多種經營方式，可能是進出口貿易和生產加工業務並存。這就要求企業區分主次業務，主業在“營業收入”中核算，兼業在“其他業務收入”中核算。帶料加工企業也有類似問題。比如，有料加工企業為了充分利用現有設備，既搞外加工又搞內加工，就要對內加工和外加工分別核算。對外加工費收入免征增值稅，對內加工費收入征稅。如果劃分不清，就不能享受免稅待遇。另外，企業出售廢舊物資的收入，由於與生產經營沒有直接關系，應在“營業外收入”中核算。
三是境外客戶支付的費用應如實計入收入。目前國內加工企業的加工費收入普遍較低，海外客戶往往與國內加工企業簽訂壹些協議，支付部分費用(如廠房租金、報關費等大額費用)。例如，某服裝廠1997、1998兩年共虧損899萬元，其中1998的加工費收入為72萬元。工廠發了31.2萬的工資，卻只拿到了72萬的收入。工廠從65，438+00年前成立至今，壹直是這種情況，但還能繼續經營。原因是境外客戶往往以工廠現金(人民幣而非外匯)支付日常費用，這部分現金掛在“其他應付款”科目而不反映在收入科目，變相轉移企業加工費收入，從而轉移利潤，減少應納稅所得額。同時，由於加工費收入低，也減少了國家外匯收入。外國代理人支付的此類費用可以理解為價外補貼收入，應並入應納稅所得額計算繳納企業所得稅。
(2)費用的核算
首先，成本核算要詳細。壹般來說，大型加工企業可以將費用分為“制造費用”和“管理費用”。生產費用計入“制造費用”，辦公管理費用計入“管理費用”。對於小型加工企業，所有費用也可計入“管理費用”。用於出口的費用，如監管費、商檢費、衛生檢驗費、開票費、現場檢驗費、招待費、補貼等。，大部分企業把它們歸入“報關費”。事實上，這不利於企業的財務分析，最好的辦法是單獨列項。比如有的加工企業，壹個月報關費幾十萬元，但具體費用不清楚，如果單獨記賬就不存在上述問題。同時，衛生檢驗費和現場檢驗費按車次收取，監督費和商檢費按物資價值計算。如果實際支出金額偏離較大，可以檢查是否存在異常支出，從而促進企業做好財務分析。
其次，購買原材料和輔料的進項稅不能抵扣，要單獨核算，計入成本。加工企業的主要原料和大部分輔料通過海關進口，少量輔料從國內采購。在國內采購的材料，即使取得增值稅專用發票，也不能抵扣進項稅，只能計入成本。這是因為，根據現行稅收政策，凡以進口料件加工後復出口的貨物，均實行“出口免稅”管理方式，即不抵扣進項稅(包括進口料件和國產料件的進項稅)，最終生產加工環節不征稅，出口不退稅。這不同於進口加工貿易。進口加工企業使用的國產料件可以申請出口退稅(必須取得增值稅專用發票)。因此，對從事來料加工復出口業務的出口企業，為生產或加工復出口免稅商品而購進的已征稅原材料和輔料的進項稅額，不能抵扣和退稅，而應單獨核算，轉入來料加工經營成本。應稅項目和非應稅項目的進項稅額不能分別計算的，消耗的原材料進項稅額按照銷售比例分攤。
來料加工企業的稅收優惠
根據《出口貨物退(免)稅管理辦法》，出口企業以“進料加工”方式免稅進口原材料、零部件後，應當憑海關簽發的《進料加工進口貨物報關單》和《進料加工登記手冊》，向主管其出口退稅的稅務機關申領《進料加工免稅證明》。 並向負責征收的稅務機關申報對其加工或者委托加工的貨物免征增值稅和消費稅。 貨物出口後，出口企業憑《進料加工出口報關單》、《進料加工登記手冊》和海關已核銷的外匯收入，向主管出口退稅的稅務機關辦理核銷手續。對逾期未核銷的，由主管出口退稅的稅務機關會同海關和主管稅務機關及時退稅並進行處罰。
從上述規定可知，承接來料加工的出口企業可以在進料進口後，憑進口報關單和海關簽署的《來料加工登記手冊》向主管其出口退稅的稅務機關申請辦理《來料加工免稅證明》，無需等待《加工手冊》核銷後再申請辦理《來料加工免稅證明》。
加工企業辦理免稅證明需提交的材料包括:加工貿易合同批準證書、對外加工裝配合同、進口料件申請備案清單、出口成品申請備案清單、出口成品及相應消耗進口料件備案清單、合同基本信息(含封面)、稅務登記復印件、免稅申請報告、最後壹批貨物合同解除申請表。