(壹)申請人必須是國家指定經營新疆棉花進出口業務的具有獨立法人資格的經濟實體(以下簡稱“新疆棉公司”)。
(二)新疆棉花公司所屬倉庫或其下屬公司直接管理的倉庫。
(三)倉庫設在設有海關的沿海加工貿易發達地區或進口棉花用於開展加工貿易的地區。
(四)倉庫應當具有專門用於存放和堆放海關監管貨物的安全隔離和倉儲設施。建立健全符合海關監管要求的倉儲貨物出入庫管理的規章制度、會計制度和明細賬冊，配備經海關培訓認可的專職管理人員。第四條申請設立監管倉庫，應當持倉庫經營單位的營業執照、國家計委的批準文件、新疆棉花公司設立監管倉庫的書面申請，填寫《新疆棉花頂進監管倉庫申請表》， 並經主管海關審核同意後報海關總署審批，然後簽發《新疆棉花自頂彈出入監管倉登記證》。 第五條倉儲貨物屬於海關監管貨物，未經海關批準，不得出售、轉讓、抵押或者移作他用，不得進行加工。如果有必要改變包裝，添加標記代碼等。，必須報主管海關批準。倉庫儲存的貨物儲存期為壹年。第六條新疆棉花入庫前，新疆棉花公司或其代理人持相關單證向主管海關申請入庫，海關按照保稅倉庫貨物入庫的有關規定辦理入庫手續。第七條新疆棉花公司或其代理人在出庫前，應通過以下方式向主管海關提出申請:
(壹)從監管倉庫購買(或提取)新疆棉花的加工出口企業，憑加工貿易手冊、合同等單證向主管海關提出申請，海關按照保稅倉庫轉加工貿易貨物的有關規定辦理出庫手續；
(2)新疆棉花直接出口的，憑出口許可證、合同等單證到主管海關入庫，海關按壹般貿易辦理出口，按轉關運輸方式監管(不再出具報關單出口退稅聯)。
新疆棉花出庫後，新疆棉花公司憑有效報關單證和出庫憑證向主管海關核銷倉庫。第八條加工貿易企業需要跨直屬海關關區從新疆棉花倉庫提貨的，經加工貿易企業所在地直屬海關和新疆棉花倉庫所在地海關聯系核實同意後，按照轉關運輸管理辦法辦理手續，並報總署備案。第九條倉庫管理人應當於每月5日前將監管倉庫儲存的貨物提交主管海關，並單獨列出上月貨物的收、付、存情況。第十條海關可以隨時派員進入倉庫檢查貨物儲存情況和有關賬冊，必要時可以與倉庫管理人共同上鎖，或者派員到倉庫監管。倉庫管理員應為海關提供辦公場所和必要的便利。第十壹條主管海關應設立專門賬冊，記錄新疆棉花入庫及結存的詳細內容，並與監管倉庫定期對賬。第十二條倉儲物在儲存過程中發生滅失或者短少的，除不可抗力外，由倉儲管理人承擔法律責任。第十三條監管倉庫儲存棉花的期限為壹年。新疆棉到期後在批準期限(3個月)內不能辦理出庫手續的，海關按無證貨物處理出售，所得款項上繳中央國庫。第十四條有下列情形之壹的，主管海關可以暫停監管倉庫經營資格，暫扣《新疆棉花進出口監管倉庫登記證》，並要求其整改。
(壹)擅自變更館址、館名、法定代表人，轉租、轉借他人經營或者設立自有分館的；
(二)管理混亂，賬目不清，擅自存儲非新疆棉商品的；
(三)構成違反海關監管規定的行為；
(四)不再符合本規定第三條所列條件。第十五條有下列情形之壹的，主管海關可以撤銷其金庫資格:
(壹)暫停倉庫資格期滿後仍不符合海關要求的。
(二)構成嚴重違反海關監管規定或者走私的。
(三)其他原因需要撤銷保稅倉庫資格的。第十六條倉庫管理人違反本辦法規定，構成走私或者違反海關監管規定的，依照《中華人民共和國海關法》、《中華人民共和國海關法行政處罰實施細則》等相關法律法規處理。