1、如果丟失部分是可以自制的原始憑證，那麽可以重新自制原始憑證，並從系統中再次打印整理好記賬憑證;這種情況下是公司內部的管理責任問題。
2、如果丟失部分是發票記賬聯，那麽可以根據公司的存根聯作復印，並從系統中再次打印整理好記賬憑證。
3、公司丟失記賬憑證是外部憑證，比如發票，在這種情況下，可以根據系統所查詢核算信息來聯系對方單位，重新復印壹份作原始憑據，並再次打印整理好記賬憑證。公司記賬憑證丟失，可根據會計系統逐筆進行查核比對，如果是銀行單據丟失的，可以聯系相應的銀行補打銀行回單。
擴展資料：
會計憑證使用方法的基本原則：
（1）雙金類、雙非類憑證所記錄的金額都不在現金流量表上反映。
（2）單金類憑證所記錄的金額應當且必須全部列示於現金流量表的某壹行次內，憑證借記現金賬戶，貸記非現金賬戶的，以該憑證記載的金額為現金流入量；未貸記非現金賬戶的，以該憑證記載的金額為現金流出量。
（3）列表行次的選擇。若記賬憑證是單金類憑證，則現金流量表中列示的具體行由目標內容優先系統確定，即根據會計憑證匯總的具體內容選擇列表中的行。