1，不同功能
事業單位會計主要是存錢取錢轉賬的公司賬戶；
企業會計用於處理所有符合法律法規的結算，包括提取現金和支付員工的工資福利，而壹般存款賬戶只能處理壹般結算業務，不能提取現金和支付員工的工資福利。
2.性質不同
事業單位會計可以辦理轉賬結算和現金存款，不能辦理現金支取。。
企業財會人員可以隨時存取資金，但資金的支取必須通過公司轉賬支票轉入公司基本存款賬戶，再通過公司現金支票支取。
3.不同的目的
事業單位會計核算的目的是確定被審計單位的內部控制是否能夠預防和發現某些財務報表的重大錯報或漏報。
企業會計應處理評估中的重大錯報風險。為了證明控制能夠在識別層面防止或發現並糾正重大錯報，需要獲取審計證據的相關性和可靠性。對審計證據的相關性和可靠性的要求越高，控制測試的範圍就越大。
4、考核內容不同。
事業單位會計主要考核能否認真執行國家的憲法、法律、法令，工作人員是否具備應有的道德素質，是否具備做好本職工作的專業技能，是否具備必要的文化知識和實際工作能力。
企業會計主要考察出勤、學習成績和工作態度，完成任務的數量、質量和效率。
5、內容不同
事業單位會計可以分為發票管理、供應商管理、支票管理、賬齡分析。
企業會計分為會計範圍、實例會計、審計程序、科目設置和會計處理。
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