（1）使用對象不同，公章是機關、團體、企事業單位使用的印章，財務專用章是財務部門所使用的；
（2）作用不同，財務專用章主要是經內過了財務部門的認可用於與公司財務結算方面的票據，公章是具有代表公司權益的法律效力；
（3）使用範圍不同，財務專用章主要用於辦理公容司會計核算和銀行結算業務，公章是是公司最高權力的象征。
1、財務專用章為辦理單位會計核算和銀行結算業務，會計中心為各單位統壹刻制了冠有單位名稱和“會計中心”字樣的財務專用章，並經單位領導授權後使用。單位原有的財務專用章限用於內部財務管理，但不得用於銀行結算；
2、會計中心對財務專用章的使用範圍嚴格限制，並采取與會計主管印章雙人分管、保險櫃另行存放等項措施，以確保印鑒安全；