1.對實施內部審計的認識存有偏差。在傳統的計劃經濟體制下，無論是各級政府領導，還是部門、單位的領導大都認為行政事業單位不具有生產功能，沒有成本核算，財務只是對本部門或本單位內部的壹些收支行為進行的記賬活動，沒有必要再開展內部審計。這種認識雖然隨著社會主義市場經濟的發展有所改變，但是近年來，很多行政事業單位的領導對開展內部審計工作又產生了壹種新的偏差，認為近年財政部門實施了預算外資金和罰沒收入的收支兩條線管理、行政事業單位編制了部門預算、資金實施了國庫集中支付、物資的購買實行政府采購，行政事業單位不需要再開展內部審計了，有些領導將內部審計等同於紀檢監察，對內審的職能和作用認識發生了錯位。這些錯誤的觀念，嚴重地阻礙了行政事業單位內部審計工作的發展。
2.內部審計機構的設置不到位。內部審計機構是單位內部設置的履行獨立檢查職能的部門，其任務是檢查和評價單位的各種經濟業務活動內容是否符合國家相關的財經法規。內部審計對其所檢查的經濟業務活動要提出分析、評價、建議、咨詢，其基本要求是內部審計要具有獨立性。沒有獨立的內審機構，內審工作就很難開展。目前的行政事業單位內審機構的設置狀況是：少部分行政主管部門設置了相對獨立的內部審計機構;大部分行政主管部門雖然也設置內部審計機構，但基本上沒有配備相應的審計人員而是與財務部門兩塊牌子壹班人馬;部分行政主管部門雖然配備了審計人員，卻沒有相應的獨立審計機構，如有些單位將所屬內審機構置於監察室或紀委之下，根本談不上內部審計機構的獨立性;事業單位基本上沒有設置獨立的審計機構，只有極少數較大的隸屬省級以上的事業單位才有壹個不健全的內部審計機構。
3.內部審計的領導層次不清，內部審計的權威性、獨立性和有效性受限。內部審計工作的性質特征決定其領導層次愈高，內部審計的權威性、獨立性和有效性才愈有保障。然而，縱觀目前我國的行政事業單位的內部審計工作的領導層次狀況，不難發現，很大壹部分行政事業單位的內部審計工作是由單位分管財務的負責人分管的，少數行政事業單位的內部審計工作是由紀檢書記分管的，甚至有部分行政事業單位的內部審計是由財務部門負責人兼管的。內部審計是部門單位實施內部監督，依法檢查會計賬目及其相關資產，監督財政收支和財務收支真實合法效益的活動。如果是分管財務的負責人分管審計，顯然內部審計監督基本難以真正發揮其作用;如果是分管紀檢監察的領導分管審計，由於分管紀檢監察的領導壹般不過問財務、物資財產管理，壹般情況下難以完成內部審計的主要任務;如果是財務負責人兼管內部審計工作，那麽實施內部審計就難以達到獨立審計的要求，這樣的監督只能是流於形式。
4.內部審計工作定位不準確，目標不能做到與時俱進。行政事業單位內部審計工作應緊緊圍繞本部門、本單位的工作中心，應在服從、服務於本部門、本單位總體目標的前提下適時開展內部審計工作，而實際工作中有的行政事業單位的內部審計往往不能根據本部門、本單位總體工作目標的變化適時調整其工作目標，致使審計工作目標脫離本部門、本單位的總體目標，因而削弱了內部審計的工作效果。有的行政事業單位雖然也制定了壹些內部審計工作目標，但實際工作中，忽視了內部審計操作和管理中的責、權、利相統壹原則，沒有對審計工作目標進行科學的分解，並在此前提下，輔以有效的激勵機制和責任制度。甚至有少數行政事業單位對內部審計工作定位在按照領導的意圖對本部門、本單位的開支進行整頓，應付財政、審計、稅務等部門的監督檢查。內部審計人員的積極性和創造性往往得不到充分的發揮，內部審計工作常常處於例行公事的應付局面之中，從而影響了審計目標的實現，致使內審效果不理想。
5.內審人員的素質不能適應內審的要求。內審工作是壹項專業性、技術性很強的工作，要求內部審計人員具有較高的政治素質和較好的專業知識，即當前的內審人員不僅要掌握審計、財務知識，更要掌握經濟學及其它方面的知識。但目前，從數量上看，內審人員還不能適應我國行政事業單位工作的需要;從結構上來看，壹方面，內審人員年齡結構不合理，多是年齡較大財務人員，另壹方面，內審人員大部分是由長期擔任財會工作或紀檢監察工作的人員轉任或兼任，這些人員雖然具有壹定的財會知識及經驗或紀檢監察工作閱歷，但對審計工作還不勝任，而且這支隊伍也不穩定。從審計人員自身來說，有的是安於現狀，有的是對內部審計工作崗位不滿意，因而不能及時更新知識和充實審計知識。嚴重降低了內審工作的質量，也削弱了內審工作的力度。
6.內審工作內容過於單壹，無法適應新形勢的要求。目前不少行政事業單位內部審計工作僅限於開展財務收支審計，糾正違紀違規事項，實施審計的事後監督作用，但隨著社會主義市場經濟的進壹步發展和社會事業改革的不斷深化，行政事業單位的改革進程的加快，必將給行政事業單位的內部審計工作提出新的要求;同時由於行政事業單位財務會計工作中會計電算化的普及和財會人員素質的提高，賬務處理上的差錯將會越來越少，對行政事業單位內部審計工作也提出了更高的要求，單壹財務收支審計已不能適應不斷發展的新形勢的要求，內部審計工作必須不斷拓寬自身的工作內容才能適應現代行政事業單位內部審計工作的要求。
7.制度不完善，導致審計意見和審計建議難以執行。國家現行頒布的關於行政事業單位內部審計工作的法規中，除了壹些行業部門制定的系統內部審計工作規定外，與社會審計和國家審計相比，國家審計機關沒有對行政事業單位內部審計制定詳細的行政事業單位內部具體審計準則和實施細則，這種法規的滯後性，導致行政事業單位內部審計人員在實施具體的審計工作時，顯得無章可循，出具的審計意見和審計建議沒有法律的強制性，基本上是帶有強烈的“人治”色彩，因此在執行審計意見和審計建設的過程中，常常會遭遇到被執行部門的抵制，使審計意見和建議難以切實落到實處。
8.部分行政事業單位內部審計工作不規範。我國行政事業單位的內部審計同政府審計和註冊會計師審計相比較，內部審計工作有較大的靈活性，但沒有規矩不成方圓，內部審計作為壹種內部財經監督工作，必須按照規範程序進行。雖然不少行政事業單位，特別是壹些行業主管依據審計法規，結合各自的實際情況，開展了壹些內部審計工作，但是仔細分析將不難發現，大部分行政事業單位的內部審計屬於壹種會計導向型審計，它主要檢查本部門、本單位內部的會計記錄是否正確，有無疏忽引發的錯誤，資產是否安全完整，計劃是否完成，政策是否遵守等。這種會計導向型的內部審計在目前所開展的行政事業單位內部審計工作中屬比較好的。有的行政事業單位所開展的內部審計工作基本是按照領導的意圖隨意開展，既沒有按照壹定的程序進行，也沒有按照規章操作，因而常常使內部審計工作陷入無序狀態之中，如超出職責範圍審計、操作程序違規、審計方法和手段不當等，從而既影響審計的效率效果，同時也伴隨著較大的審計風險的產生。
二、解決當前內部審計工作中出現問題的主要措施
1.通過綜合手段，提高對開展內部審計工作的認識。行政事業單位內部審計作為行政事業單位的壹種經濟監督活動，不能削弱，只能加強。要把審計與強化內部經濟監督管理聯系起來。通過各種媒體的宣傳、行政發文、政府審計、財政監督等手段提高行政事業單位領導、職工、財務人員、具體從事內部審計的工作者對搞好內部審計工作的認識，只有認識提高了，才能不斷拓寬行政事業單位內部審計的路子，才能更好地發揮出內部審計保駕護航，服務本部門、本單位中心任務的作用。
2.建立健全獨立的內審機構。行政事業單位，特別是行政主管部門設立獨立的內部審計機構，是搞好系統內部審計的基本保證。在對行政事業單位機構實施改革的時候，我們不能強行要求各行政事業單位都要設立內部審計機構，但是各行業的行政事業主管部門應設立獨立的內部審計機構，如果行業主管部門都沒有獨立的內部審計機構，勢必不利於內部審計工作的正常開展。行業行政主管部門內部審計部門的獨立性應強調與其它職能部門相對獨立，特別要求的是與財務、紀檢、監察部門分設，不能有行政隸屬關系，內部審計機構要在本單位主要負責人的直接領導下，獨立行使內部審計職能，對本單位主要領導負責並報告工作。
3.正確定位內部審計工作的落腳點，進壹步明確內部審計工作的思路。行政事業單位內部審計工作必須把定位點確立在為部門或單位領導的決策當好參謀助手，促進加強部門和單位內部管理，規範其各項財務收支行為，提高社會效益和經濟效益上。根據這種定位，衡量內部審計工作成效的標準，也主要應看其在定位點上的作用發揮得如何，而不能單純地看查出了多少違紀違規問題和多少違紀違規金額。行政事業單位要搞好內部審計工作，必須堅持解放思想、實事求是、壹切從實際出發，把思想從傳統計劃經濟的束縛下解放出來，用市場經濟的觀點去觀察、分析和處理審計工作中所檢查出來的問題。及時向本部門、本單位的領導提出決策依據和可行性建議，為領導的決策服務，把服務寓於監督之中。在具體的審計工作中，對審計發現的問題要在弄清事實的基礎上，分析問題產生的原因和後果，立足於幫助，使之改正或找出妥善的解決辦法，恰當作出處理和給出建議。要正確地處理好監督與服務的關系，不能只講監督不講服務，也不能只講服務不講監督，不能把二者對立起來，而是要把二者統壹起來。
4.建立健全內部審計規章制度，做到按章開展內部審計。堅持依法審計是提高行政事業單位內部審計工作水平的重要保證。為此，行政事業單位內部審計機構必須依據國家的審計法律法規和國家的財經法規建立內部審計規章制度，按照內部審計規範所規定的程序、方法、內容等開展各項審計工作，從而實現內部審計工作的法制化、制度化、規範化。為達到這個目的，首先，內部審計機構和人員應加強學習和培訓，熟練地掌握有關法律法規和內部審計規範;其次，應建立健全內部審計的控制制度和激勵機制以及責任制度，規範內部審計機構和人員的行為，克服工作的隨意性和盲目性，切實維護內部審計工作的嚴肅性。
5.不斷改進工作方法和手段，提高內部審計工作質量。通過實施“三個結合”不斷改革內部審計的工作方法和手段：壹是事前審計與事中、事後審計相結合，即將審計監督的關口前移，把問題解決在萌芽狀態或初始階段;二是微觀審計與在宏觀方面發揮作用相結合，既從宏觀調控和宏觀管理的要求出發安排審計項目，又在審計若幹具體項目後，綜合加以分析，找出***同性或傾向性的問題及其產生的原因，有針對性地提出解決的意見和建議，為領導決策提供依據，為規範單位財務收支行為提出建議;三是對審計發現的問題堅持治標與治本相結合，對審計發現的問題既要恰當進行處理，又要深入分析產生的原因，從幫助建立健全各項規章制度和內部控制制度、加強管理工作等方面從根本上加以解決，使之不再有重復發生的可能。
6.加強審計隊伍建設，不斷提高內部審計人員的綜合素質。按照建設壹支政治強、作風硬、品德好、業務精的內部審計工作隊伍的目標，通過加強政治思想工作、組織學習和培訓、開展審計理論和實務的研討，不斷總結內部審計工作實踐經驗等途徑，大力加強審計隊伍的思想作風和業務建設，使審計人員政治思想素質、業務水平和工作能力不斷得到提高，以適應新形勢對行政事業單位內部審計工作的更高要求。具體應從以下四個方面入手：壹是要從實際出發，因地制宜地制定和完善行政事業單位內部審計人員的管理辦法，妥善解決好他們的激勵、待遇等問題，充分調動內部審計人員的積極性;二是要嚴把行政事業單位內部審計人員入口質量關，要把那些政治思想和業務素質較高的、責任感和事業心較強的、為人正直的同誌調整到內部審計崗位上來;三是要抓好行政事業單位內部審計人員培訓工作，與財務人員壹樣實行持證上崗制度和後續教育培訓制度，加強崗位培訓，不斷更新內部審計人員的知識內容，增強業務技能，以切實提高他們的綜合業務素質;四是要明確審計人員職責，嚴肅審計紀律，審計部門是監督部門，這決定了審計隊伍的素質應該更高、審計紀律更嚴。