公司的納稅申報流程為：每月十日前，到主管稅務局征收處申報納稅，填寫增值稅申報表。增值稅的申報方式包括手工申報、IC卡申報和網上申報。手工申報和IC卡申報都需要向當地的稅務機關申報，而網上申報只需要在網上下載相關的申報表，填寫完整後再進行上傳。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》 第二十五條 納稅人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實辦理納稅申報，報送納稅申報表、財務會計報表以及稅務機關根據實際需要要求納稅人報送的其他納稅資料。