農業專業合作社是農村農民間自發的組織，其性質和企業有些類似，會計科目可以參照企業級農業會計的核算方法設定，引起享受農業減免稅等及財政補貼政策，是不涉及稅收的，只有專門從事農產品買賣加工等增值服務或提供應稅勞務的合作社，其銷售收購的農產品和應稅勞務的才需要繳納相關營業稅或增值稅的。
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